Læknablaðið - 15.01.1999, Page 42

36
LÆKNABLAÐIÐ 1999; 85
Table II. Genetic markers used for haplotype analysis in lce-
landic ADPKD families, their chromosomal location and the
source of the primers.
Locus Name Chromosome Source Reference
D16S521 AFMal39wgla 16p 13.3 Leiden (36)
KG8 16pl 3.3 Leiden (37)
D16S291 16AC2.5 16pl3.3 Promega (38)
D16S663 CW2 16pl3.3 Leiden (39)
D16S283 SM7 16pl3.3 Promega (40)
D16S423 AFM249yc5 16pl3.3 Leiden (36)
D4S395 AFM046xd4 4q21 Leiden (36)
JV106 4q21 Leiden (19)
JSTG3 4q21 Leiden (19)
AICAl 4q21 Leiden (19)
TMCAl 4q21 Leiden (19)
D4S2371 GATA31H04 4q21 Leiden GDB
D4S423 AFM224xd6 4q21 Leiden (41)
D4S2457 GATA2F11 4q21 Marshfleld GDB
DXS983 AFM078zal Xql2 Uppsala (36)
DXS986 AFM116xgl Xq21.1 Uppsala (36)
DXS995 AFM207zg5 Xq21.2 Uppsala (36)
DXS1002 AFM249vh5 Xq21.2 Uppsala (36)
DXS990 AFM136yc7 Xq21.3 Uppsala (36)
DXS1106 AFM263wel Xq22.1 Uppsala (36)
erfðamörkum á X-litningi (tafla II).
DNA vísar sem notaðir voru í rannsókninni
voru gjöf frá Dr. M. Breuning (The Concerted
Action on Polycystic Kidney Disease, Leiden í
Hollandi), frá Dr. J. Weber (Marshfield Med-
ical Research Foundation Wscouncin, Banda-
ríkjunum) og frá Dr. C. Wadelius (The Nordic
Primer Resource Uppsölum, Svíþjóð) eða
keyptir frá Promega Corporation.
Tengslagreining og setraðagreining erfða-
marka: Tengslagreining var gerð á sjö blöðru-
nýrnafjölskyldum (F1-F7) (tafla III) þar sem
reiknaðar voru líkur á að svipgerð sjúkdómsins
erfðist með einu eða fleiri erfðamörkum á
PKD1 svæðinu (single point or multipoint link-
age analysis) borið saman við líkur á óháðum
erfðum (að meingenið sé annars staðar) (42).
Lógaritminn af hlutfallinu nefnist lod score
(the logarithm of the odds). Marktækt gildi
fyrir lod score er 3 sem þýðir að líkur á erfðum
eru lOOOámóti 1. Setraðagreining erfðamarka
(haplotype analysis) var gerð fyrir 14 fjöl-
skyldur á litningasvæðum umhverfis PKDl og
PKD2 genin (mynd 1). Þá er samsætum
(alleles) í arfgerð (genotype) hvers erfðamarks
raðað á litning samkvæmt uppruna frá föður
eða móður og mynda einingu sem erfist sem
ein heild. Setröðin er einkennandi fyrir stökk-
breytingar af sama uppruna ef notuð eru erfða-
mörk nálægt meingeninu. Setraðagreiningin
Table III. Multipoint linkage analysis between genetic markers
on chromosome 16pl3.3 and the disease phenotype in families
F1-F7. The recombination frequency between 3'HVR and PKDl *
was 5% and between PKDl and SM7 or 16AC2.5 was 0.5% for
calculated max lod score.
Family Locus 1 Rec.freq Locus 2 Rec.freq Locus 3 Lod score
F1 3'HVR 0.05 PKDl 0.005 SM7 2.78
F2 3'HVR 0.05 PKDl 0.005 SM7 -16.68
F3 3'HVR 0.05 PKDl 0.005 SM7 2.38
F4 3'HVR 0.05 PKDl 0.005 SM7 -3.47
F5 3'HVR 0.05 PKDl 0.005 SM7 -4.72
F6 3'HVR 0.05 PKDI 0.005 16AC2.5 2.89
F7 3'HVR 0.05 PKDl 0.005 16AC2.5 2.43
var gerð með aðstoð tölvuforritsins Cyrillic 2.1
(Cherwell Scientific Publishing 1997 Oxford,
Bretlandi) sem auk skráningar erfðaefnisgrein-
inga, er notað við skráningu ættartengsla og
sjúkdómsgreininga.
Niðurstöður
Aður birtar niðurstöður: Tengslagreining milli
svipgerðar sjúkdómsins og erfðamarka á litn-
ingi 16 í sjö íslenskum fjölskyldum með arf-
geng blöðrunýru var birt 1993 (42). Rannsak-
aðir voru 128 einstaklingar. Af þeim greindust
48 með svipgerð sjúkdómsins, 60 voru án
svipgerðar og 20 inngiftir. Notuð voru fimm
erfðamörk og af þeim voru tvö einnig notuð í
setraðagreiningu fyrir allar fjölskyldurnar.
Hæstu líkur á tengslum (lod score) fengust
þegar gert var ráð fyrir að sjúkdómsgenið væri
staðsett á litningi 16, milli 3'HVR (nær litn-
ingsenda) og SM7 eða 16AC2.5 (nær þráð-
hafti) í þriggja þátta tengslagreiningu (tafla
III). í fjórum fjölskyldum (Fl, F3, F6 og F7)
voru líkurnar 240/1 til 630/1 á að sjúkdóms-
genið hafi erfst milli ofangreindra erfðamarka.
I þremur fjölskyldum (F2, F4 og F5) var set
sjúkdómsgensins útilokað frá svæðinu. Fjöl-
skylda F2 er stærst og var því hentug til að leita
að seti PKD2 gensins. Aður höfðu verið leiddar
líkur að staðsetningu PKD2 á litningi 2q (43).
En tengslagreining milli svipgerðar sjúkdóms-
ins í fjölskyldu F2 og erfðamarka á litningi 2q
leiddi til útilokunar á seti PKD2 gensins á
þessu litningasvæði (42).
Leit að PKD2 geninu var gerð á Islandi, með
aðstöðu við rannsóknastofu dr. J. Weber í
Marshfield Bandaríkjunum og í samvinnu við
samevrópskan rannsóknarhóp með aðsetur í
Leiden Hollandi. Gerð var greining á erfða-
mörkum með 10-20 cM millibili á öllum A-
litningum (autosomal chromosomes) eða svo-
kölluð heildarerfðaefnisleit (genome wide