Fræðaþing landbúnaðarins - 16.02.2007, Page 108

106 • Fræðaþing landbúnaðarins 4, 2007
Samtals voru prófaðar 28 stuttraðir. Vísar voru keyptir frá Applied Biosystems þar sem
annar vísir stuttraðanna var merktur með flúorljómandi merki; NED, 6-fam, VIC og
PET. Af 28 mögulegum stuttröðum náðist viðunandi mögnun með stöðluðum aðferðum
á 14 (tafla 1). Fjölmögnunarhvörf (PCR) voru gerð með eftirfarandi efnastyrk lOxBuffer
(með 50mM MgCl), dNTPs, Teq polymerase 1 unit per hvarf. Blöndumar vom látnar
hvarfast við eftirfarandi hitastig 4 mín - 95°C, 29 hringir (94°C í eina mín, 50°C í eina
mín og 72°C í 1 Vi mín), 72°C í 7 mín. PCR afurðir voru keyrðar á raðgreini, ABI 3730
til stærðarákvörðunnar. Stærðarákvörðun var gerð með forritinu GeneMarker 1.51.
1. tafla. Yfirlit yfir erfðamörk notuð í rannsókninni. Basaröð vísa, gerð erfðamarka, og
staðsetning.
Erfðamark Vísar (primers) Limingur #
FH3414 tetra AGAGTT GAAAGGTT GAAAATGG
FH2309 tetra GACTGAGTTCTTTCAGCACAGTG
C02.342 di TCT TTG AAA TGA AAT GGG CC
C05.771 di GAG GAA GCC TAT GGT AGC CA
FH2140 tetra GGG GAA GCC ATTTTT AAA GC
FH2263 tetra CAT GTA GAG TGA TTA GTT GGT CTT T
FH2293 tetra GAA TGC CCT TCA CCT TGA AA
AHT137 di TAC AGA GCT CTT AAC TGG GTC C
AHT130 di CCT CTC CTG GTA AGT GCT GC
REN54P11 di GGG GGA ATT AAC AAA GCC TGA G
AHT125 di CCA CCA GTG TGC CCA TCT C
FH3750 tetra GAG CTA CCA AGG AAT CAA AAG G
REN67C18 di TCT GTG CGT TTC CGT TTA TG
REN164E17 di GGT CTTCACCCATCACCATT
TGTGGTCACAAGACTTTAGCC CFAl
GGCAGCCTTATTATTCATGGA CFAl
GTT TCT TTG CTC ATC CCT GTG AAA GC CFA02
GTT TCT TTC AAG ACC TGA ATT CCT TGT TCC CFA05
GTTTCrTTr GAC CCT CTG GCA TCT AGG A CFA05
GTTTCTTTCTGA ATATCCTCTGCCCTTC CFA09
GTT TCT TTA GGA AAA GGA GAG ATG ATG CC CFA10
GTT TCTTTC CTT GCA AAG TGT CAT TGC T CFAll
GTT TCTTTG GAA CAC TGG TCC CCA G CFA18
GTTTCTTTT GCA AATTCT GAGCCCCACTG CFA18
GTTTCTTTATCAAAGTCATGA AATTCCGTG CFA24
GTT TCT TTC TCC TCA CTT TGA CCT ACT TCC CFA24
GTTTCTnTTAGTACCTGnTGTTATCC CFA37
TT AGAT GGAAA AT GTGGCCC CFA38
Skyldleikaræktunarstuðlar vom reiknaðir með forritinu pedigree viewer (version 5.1,
http://metz.une.edu.au/~bkinghor) en við tölfræðigreiningar vom eingöngu notaðir
þeir einstaklingar sem höfðu 3 eða fleiri þekkta forfeður í báða ættliði. Upplýsingar um
gotstærð vom fengnar úr ættarskrá íslenskra fjárhunda, fjöldi skráðra einstaklinga í goti
var notaður sem metill á gotstærð. Haldin hefur verið skrá yfir niðurstöður mælinga á
mjaðmalosi hjá deild íslenska fjárhundsins, samtals era til gögn um 369 hunda, þar af 85
sem tóku þátt í arfgerðarannsókninni.
Eftirfarandi tveir metlar vom reiknaðir til að meta skyldleikaræktun einstaklinga útfrá
dreifingu genasamsæta stuttraða. Báðir metlamir vora reiknaðir með forritinu IR (Amos
et al. 2001). 1. Stöðluð arfblendni yfir genasæti (standardised multilocus heterozygosity,
sMLH). Hér er notuð meðal arfblendni yfir fjölda genasæta en leiðrétt fyrir ólíkri
væntanlegri arfblendni yfir genasæti (Coltman et al. 1999). 2. Innri skyldleiki (IR). Innri
skyldleiki (eða áætlaður skyldleiki foreldra) byggir á því að arfhreinar arfgerðir geti
mögulega búið yfir meiri upplýsingum en arfhreinar með því að nota upplýsingar um
tíðni genasamsæta sem eru arfhrein (Amos et al. 2001).
Lýsitölur fyrir erfðabreytileika, arfblendni (H£), fjöldi genasamsæta á genasæti, tíðni
algengustu genasamsætu og dreifing genasamsæta, voru reiknaðar með forritinu