Fræðaþing landbúnaðarins - 13.02.2009, Page 137

MÁLSTOFA D - AÐBÚNAÐUR OG HEILBRIGÐI BÚFJÁR | 135
Erfðagreiningar dýra
Sigríður Hjörleifsdóttir, Sigurlaug Skímisdóttir, Alexandra M. Klonowski, Sigurbjörg
Hauksdóttir, Steinunn Magnúsdóttir, Kristinn Olafsson,
Matís-Prokaria, Gylfaflöt 5, 112 Reykjavík
Inngangur
Á undanfömum 4-5 ámm hefur verið unnið markvisst að uppbyggingu á
erfðagreiningum á dýrum hjá Prokaria, líftæknisviði Matís ohf. I upphafi var unnið að
erfðagreiningum á laxi og voru stór verkefni unnin fyrir laxeldisaðila í Kanada og
USA. Síðan hefur verið bætt við greiningaraðferðum bæði á fleiri físktegundum og
spendýrum. Prokaria hefur alls greint tugþúsundir sýna og öðlast mikla fæmi og
viðurkenningu á gæðum þessarar þjónustu. Fjöldi erlendra aðila kaupir nú
erfðagreiningar hjá Prokaria, enda á mjög samkeppnishæfú verði, sem nú er allt að
helmingi ódýrara en hjá samkeppnisaðilum, t.d. á Norðurlöndum. Erfðagreiningar á
dýmm geta nýst í margvíslegum tilgangi og má þar nefna foreldragreiningar í
kynbótastarfi, sem einstaklingsgreiningar innan tegundar, greiningar á milli tegunda,
greiningar á villtum stofnum og í rekjanleika- eða uppmnagreiningar (McConnell et
al., 1995; O'Connell and Wright, 1997).
í erfðagreiningu má nota svonefnd erfðamörk en það em ákveðnir staðir eða DNA
raðir sem eru á einhvem hátt greinanlegir í erfðamenginu. Algengt er að nota
erfðamörk sem byggjast á endurteknum stuttröðum (microsatellites eða örtungl) sem
vitað er að séu breytilegar á milli einstaklinga sömu tegundar. Þessi svæði em notuð
til að smíða DNA vísa eftir, vísamir em síðan notaðir í PCR mögnun og breytileiki á
milli einstaklinga greindur út frá stærð PCR búta sem myndast (McConnell et al.,
1995; O'Connell and Wright, 1997).
Hjá Prokaria hefur einnig verið unnið að þróun á nýjum erfðamörkum iyrir tegundir
þar sem ekki voru til birt erfðamörk í því magni sem þörf er á í greiningar af þessu
tagi. Þar má nefna 118 ný erfðamörk í þorski og um 100 ný erfðamörk í leturhumri.
Auk nýrra erfðamarka sem þróuð hafa verið með raðgreiningu á auðguðum svæðum
innan erfðamengisins þá hefúr Prokaria einnig þróað erfðamörk sem em staðsett í
sérstökum lykilgenum (candidate genes ) sem talið er að hafi bein áhrif á vöxt dýra.
Erfðagreiningarsett
Erfðagreiningar eru aðferðir sem krefjast mikillar sérfræðiþekkingar, mikils
tækjabúnaðar og dýrra efna. Unnið hefur verið að þessari uppbygginu innan
fyrirtækisins á undanfömum ámm. Til þess að gera þessar greiningar raunhæfan kost
er því mjög mikilvægt að hægt sé að vinna allt ferlið á sem hagkvæmastan hátt. í
þessu felst m.a. vel þróuð greiningarsett þar sem greind em mörg erfðamörk í einu
hvarfi og einni keyrslu á raðgreiningarvélinni, að rannsökuð séu mörg sýni í einu þar
sem minnsta eining eru 96 sýni í einu, að bestu mögulegu tæki séu notuð og að vel
þjálfað starfsfólk vinni verkið þar sem allir verkþættir em hugsaðir út frá hagkvæmni.
Þetta hefur verið haft að leiðarljósi í uppbyggingu á þeim erfðagreiningaraðferðum
sem byggðar hafa verið upp hjá Prokaria. Mikil og kostnaðarsöm þróunarvinna liggur
að baki hverju erfðagreiningarsetti. Sem dæmi má nefna að til að ná inn 17
erfðamörkum í 3 hvarfblöndur í bleikju þurfti að prófa 70 mismunandi vísapör í
fjölmörgum tilraunum. í Töflu 1 má sjá lista af þeim erfðagreiningarsettum sem búið