Læknablaðið : fylgirit - 01.04.2012, Síða 39

VÍSINPI Á VORDÖGUM
FYLGIRIT 70
á litningi 2 var metinn skaðlegur af SIFT og Polyphen2 en það reyndist
ekki vera markækur munur á samsætutíðni milli hópa (p=0,22). Innskot
á 3 bösum í TSPYLl á litningi 6 var einnig athugað nánar en munur á
milli hópa reyndist ekki vera marktækur (p=0,96). Framundan er nánari
skoðun á þeim breytileikum sem komu í ljós við raðgreininguna; bæði
innan og utan prótein kóðandi svæða.
90 Greining DNA-krosstengsla með tvívíðum þáttháðum rafdrætti
Bjarki Guðmundsson', Hans Guttormur Þormar1-2, Margrét Steinarsdóttir4, Supawat
Thongthip3, Agata Smogorzewska3, Jón Jóhannes Jónsson1-1
‘Lífefna- og sameindalíffræöistofa læknadeildar HÍ, ;Lífeind ehf., 3Laboratory of Genome
Maintenance, Rockefeller University, New York, 4erfða- og sameindalæknisfræðideiid
Landspítala
bjarkigu@hi.is
Inngangur: Tvívíður þáttháður rafdráttur (2D-SDE) er aðferð sem hægt
er að nota til að greina gæði og skemmdir flókinna kjamsýrusýna og
skoða áframhaldandi meðhöndlun þeirra. í fyrri vídd rafdráttar er
aðgreining kjarnsýra háð lengd og þætti, t.d. tvíþátta DNA, einþátta
DNA og RNA*DNA blendinga. Kjarnsýrur eru afmyndaðar með hita
fyrir rafdrátt í seinni vídd og því er færsla þeirra þá aðeins háð lengd.
Eftir tvívíðan rafdrátt myndar hver þátthluti mismunandi boga. Með
greiningu á þeim er hægt að meta magn og lengdardreifingu hvers þátt-
hluta kjarnsýra í uppmnalega sýninu. Markmið þessa verkefnis var að
kanna hvort hægt væri að nota 2D-SDE til að greina krosstengsl í DNA.
Aðferðir: Fanconi anemia (FA) er hópur sjaldgæfra víkjandi sjúkdóma
með mismunandi klínísk einkenni. Sjúklingarnir eru mjög viðkvæmir
fyrir efnum sem valda DNA krosstengslum. Mannaerfðaefni einangrað
úr blóði og DNA úr ræktuðum fíbróblöstum með stökkbreytingar í
FANCA og FANCDl genum vom meðhöndluð með efnum sem valda
DNA krosstengslum (cisplatin, mitomycin C og DEB). Sýnin vom síðan
greind með 2D-SDE.
Niðurstöður: Aukið magn DNA greindist fyrir aftan boga af óskemmdu
tvíþátta DNA, eins og vænta mátti af DNA með krosstengsl á milli þátta
(interstrand crosslink) sem hindra aðskilnað DNA þátta við afmyndun.
Einnig greindust DNA-sameindir sem færðust fyrir framan tvíþátta
DNA, annars vegar einþátta DNA og hins vegar DNA með krosstengsl
innan þáttar (intrastrand) sem valda bognun á DNA sameindum. Magn
skemmda var háð styrk krosstengiefnis og tengdist áunnum litningagöll-
um. Viðgerð á DNA-skemmdum var minni hjá FA fmmugerðum miðað
við fmmur með eðlilega arfgerð samkvæmt 2D-SDE greiningu.
Ályktun: 2D-SDE aðferðin gæti reynst gagnleg í rannsóknum, við
greiningar á Fanconi anemia og í prófun fyrir svörun sjúklinga við lyfja-
meðferð
91 Tengsl rs3803662 arfgerðar við tjáningu TOX3 í brjóstaæxlum og
meinafræðilega þætti meinsins
Eydís Þórunn Guðmundsdóttir1, Haukur Gunnarsson1, Bjami Agnar Agnarsson2,
Óskar Þór Jóhannsson3, Aðalgeir Arason1, Rósa Björk Barkardóttir1, Inga
Reynisdóttir1
'Sameindameinafræði- og frumulíffræðieiningu, rannsóknastofu í meinafræði, 2rannsóknastofa í
meinafræði, 3krabbameinslækningadeild Landspítala
eydist@land$pitali.is
Inngangur: Erfðaþættir spila hlutverk í tilurð brjóstakrabbameina.
Rannsóknir hafa sýnt að ákveðnir eins-basapara erfðabreytileikar (e.
SNP = Single Nucleotide Polymorphism) geti stuðlað að aukinni áhættu
á brjóstakrabbameini. í viðleitni til að athuga hvemig slíkir erfðabreyti-
leikar hafa áhrif var tjáning gena í nágrenni þessara áhættu SNPa mæld.
Aðferðir: DNA var einangrað úr brjóstakrabbameinssýnum og 16 SNPs
tengdir brjóstakrabbameini arfgerðagreindir. RNA var einangrað úr
sömu æxlissýnum og genatjáning mæld á örflögum. Fylgni milli gena-
tjáningar og arfgerðar var athuguð með ANOVU. Rauntíma-PCR mæl-
ing var notuð til staðfestingar á þeim niðurstöðum sem vom marktækar
samkvæmt örflögurannsókninni.
Niðurstöður: Tvö gen sýndu tölfræðilega marktæka genatjáningu
eftir arfgerð. SYT8 sýndi aukna genatjáningu þegar sjaldgæfari sam-
sætan var til staðar í einu eða tveimur eintökum (rs3817198, P=0,01211).
Genatjáning TOX3 minnkaði þegar sjaldgæfari samsætan var til staðar
í einu eða tveimur eintökum í estrógen-jákvæðum sýnum (rs3803662,
P=0,01243). Niðurstöður rauntíma-PCR staðfestu niðurstöður ör-
flögurannsóknarinnar því þær sýndu að tjáning TOX3 var minni í þeim
sýnum sem höfðu sjaldgæfari samsætuna í tveimur eintökum í estrógen-
jákvæðum sýnum. Niðurstöðumar náðu þó ekki tölfræðilega mark-
tækum mun (P=0,1). Þegar könnuð voru tengsl meinafræðilegra þátta
við arfgerð SNPsins rs3803662 kom í ljós að í estrógen-jákvæðum sýnum
vom marktækt fleiri sýni arfhrein um sjaldgæfari samsætuna og tjáðu
ErbB2 viðtakann en þau sem voru arfblendinn eða arfhrein um algengari
samsætuna (P=0,0055).
92 Einungis SNP rs3803662 sýndi fylgni við tjáningu gena sem voru
staðsett í innan við 300 kb fjarlægð frá breytileikanum
Haris Guttormur Þormar1-2, Bjarki Guðmundsson1-2, Freyja S. Eiríksdóttir1, Siyoen
Kil4, Guðmundur Heiðar Gunnarsson12, Magnús Karl Magnússon3, Jason C. Hsu4,
Jón Jóhannes Jónsson13
'Lífeind ehf., lífefna- og sameindalíffræðistofu læknadeildar HÍ, 3erfða- og
sameindalæknisfræðideild Landspítala, 4Department of Statistics, Ohio State University, USA
hans@hi.is
Mikilvægi magns tvíþátta DNA við cDNA nýmyndun fyrir nákvæmni
örflögugreininga á genatjáningu
Inngangur: Þrátt fyrir miklar framfarir við örflögugreiningar á
genatjáningu eru niðurstöður endurtekinna tilrauna enn ónákvæmar.
Meginúrbætur hafa snúist um að bæta tölfræðigreiningar og fram-
leiðslutækni örflaga. Lítil áhersla hefur verið lögð á gæðagreiningu
flókinna skrefa frá RNA einangrun þar til cDNA eða RNA afleiða þess
eru blenduð við örflöguna. Við rannsökuðum hvort tvívíður þáttháður
rafdráttur (2D-SDE) væri gagnlegur við gæðamat á cDNA nýmyndun
fyrir örflögugreiningar.
Aðferðir: SuperScriptHI víxlriti var notaður til að nýmynda cDNA eftir
Universal Human Reference RNA með T7 oligo(dT) vísi. Sýnin voru
nýmynduð bæði eftir leiðbeiningum framleiðanda og með endurbættum
aðferðum. Magn tvíþátta cDNA var metið með 2D-SDE. Merkt RNA
afleiða af cDNAi var búin til með T7 RNA pólýmerasa og blenduð á
Agilent örflögu fyrir 230 gen með þekkta en mismikla tjáningu. Örflagan
innihélt 10 þreifara fyrir hvert gen og hver þreifari var endurtekinn 6
sinnum til að meta nákvæmni mælingar. Niðurstöður voru greindar með
R-tölfræðihugbúnaði.
Niðurstöður: Magn tvíþátta cDNA var greint með 2D-SDE og var mjög
breytilegt á bilinu 0 - 72%. Niðurstöður úr örflögutilraunum leiddu í Ijós
að fjöldi þreifara með marktækan breytileika milli sýna minnkaði þeim
mun meira sem var af tvíþátta cDNA í sýnunum. Þannig reyndust 15%
þreifara marktækt breytilegir milli sýna með 12% og 35% tvíþátta cDNA
en einungis 3% þreifara milli sýna með 69% og 72% tvíþátta cDNA.
Þreifarar frá genum með lága tjáningu voru líklegri til að sýna breytileika
af völdum mismunandi magns af tvíþátta cDNA.
Ályktanir: Niðurstöður okkar sýna að hámörkun magns tvíþátta cDNA
LÆKNAblaðið 2012/98 39