Náttúrufræðingurinn - 2013, Blaðsíða 20

Náttúrufræðingurinn
128
Vatnshellir er hraunhellir í Purk-
hólahrauni á utanverðu Snæfellsnesi
(1. mynd), en það er talið runnið úr
Snæfellsjökli fyrir um 5–8 þúsund
árum. Hellirinn er í raun hellakerfi
þar sem hann skiptist í fjóra minni
hella. Hinn eiginlegi Vatnshellir
er opinn en hann notuðu bændur
áður fyrr til að brynna dýrum
sínum. Hinir þrír hlutar hellisins eru
Bárðarstofa, Vættagangur og Iður,
en saman ganga þeir hlutar undir
nafninu Undirheimar. Undirheimar
eru lokaðir og voru fyrst kannaðir
árið 1968 en talið er að mannaferðir
þangað niður hafi byrjað upp úr
1960 en verið þó litlar sem engar
enda aðgengi ekki gott. Hellirinn
var lokaður almenningi árið 2007
vegna hugsanlegra skemmdarverka
en árið 2010 var hann opnaður aftur
sem sýningarhellir fyrir ferðamenn
undir leiðsögn. Í hellinum er að
finna greinilega hvítleita, glitrandi
bakteríuþekju á veggjum og í lofti
(2. mynd), auk minni örverubreiða
og útfellinga af ýmsu tagi. Rann-
sókn okkar miðaði að því að fá
fulltrúa þessa sérstæða örverulíf-
ríkis í rækt og kanna nokkra eigin-
leika þeirra, meðal annars með til-
liti til mögulegrar starfsemi þeirra
í hellinum. Jafnframt höfðum við
hug á að velta upp þeirri spurn-
ingu hvort örverubreiðurnar hefðu
verndargildi.
Efniviður og aðferðir
Sýni voru tekin úr hellinum þann 18.
maí 2011. Í samráði við þjóðgarðs-
vörð og landverði í Þjóðgarðinum
Snæfellsjökli, voru valdir átta
sýnatökustaðir í hellinum (3. mynd)
með tilliti til aðgengis og sýnilegs
bakteríugróðurs. Sýni (4. mynd)
voru tekin með dauðhreinum
áhöldum, sett í dauðhrein, 50 mL
skilvinduglös og geymd í kæliboxi á
leið til Akureyrar. Hrúðursýni voru
tekin þannig að um 5x5x5 cm nibba
var höggvin af klettavegg með
dauðhreinum hamri, strokusýni
(sýni 3) var tekið þannig að dauð-
hreinum bómullarpinna var núið
þéttingsfast eftir um 5x5 cm fleti,
vatnssýni (sýni 7) var tekið þannig
að skilvinduglasi sem dauðhreinsað
hafði verið að utan með spritti var
dýft í lindarpoll. Hitastigið í hell-
inum var mælt við sýnatöku og
reyndist vera 5°C.
Hrúðursýni voru verkuð þannig
að allt hrúður var skrapað af stein-
nibbunni með dauðhreinu skalpel-
blaði og því safnað í dauðhreint
mortél. Einum mL af butterfields-
fosfatdúa var bætt út í mortélið og
sýnið marið kröftuglega með dauð-
hreinum mortélstaut í a.m.k. tvær
mínútur. Strokusýni í bómullar-
pinna var stungið í 1 mL af butter-
fieldsdúa og vortexað í 2 mín.
Verkuð sýni voru svo raðþynnt að
10-6 í butterfieldsdúa og 0,1 mL af
hverri þynningu sáð á petriskálar
og vandlega dreift úr vökvanum
með dauðhreinum glerdreifara. Sáð
var í tvítekningu á PCA, AIA og R2A
(Difco) og á NA (Difco) sem þynnt
hafði verið að 1% styrk næringarefna
(1NA). Skálarnar voru ræktaðar við
4°C og 15°C og fylgst með vexti í allt
að 3 mánuði. Kóloníur voru skoð-
aðar í víðsjá og þeim lýst með til-
liti til litar, lögunar, jaðarformgerð
og annarra sýnilegra útlitsþátta.
Völdum kóloníum var þá umsáð til
hreinræktunar, minnst tvisvar, áður
en stofnum var komið til varðveislu
við -80°C í 28% glýseróli. Endur-
ræktanleiki stofnanna var staðfestur
með því að sá úr frysti og rækta við
15°C í 3 vikur.
DNA var einangrað úr hrein-
ræktuðum stofnum með UltraClean
Microbial DNA Isolation setti frá
MoBio og leiðbeiningum framleið-
anda fylgt. Um 1450-basa bútur
úr 16S rRNA-geni var magnað
með PCR út frá hinum almennu
bakteríuvísum 27F og 1492R, líkt og
áður hefur verið lýst.16,17 Afurðirnar
voru hreinsaðar á NucleoSpin súlu
(Machery-Nagel). Í þeim tilvikum
þar sem fleiri en eitt band sást á
agarósageli var band samsvarandi
um það bil 1450 kirnum skorið út
og DNA dregið úr preparatívu geli
fyrir hreinsun. Hreinsaðar afurðir
voru síðan sendar til raðgreiningar
hjá Macrogen í Hollandi og var
raðgreint ýmist út frá vísi 27F eða
1492R. Röðum sem fengnar voru út
frá sama vísi var samraðað í MEGA
5.2 18 og var notast við MUSCLE
algóriþma19. Samraðanir voru svo
notaðar til að teikna neighbour-
joining skyldleikatré20 og skyldleiki
raða í einingunni fjöldi varðveittra
útskiptinga per samraðaða röð
metinn með aðferð Nei og Kumar21.
Markverðugleiki greiningarpunkta
2. mynd. A) Hvítt vegg-
hrúður er áberandi í
Vatnshelli, einkum uppi
til lofts. B) Í návígi sést
að hrúðrið er ekki sam-
fellt. – A) White cave
slime is a common fea-
ture in Vatnshellir, par-
ticularly at or near the
ceiling. B) A close-up
inspection reveals that
the crust is discontinuous.
B)
A)