Náttúrufræðingurinn - 2013, Blaðsíða 25

133
Tímarit Hins íslenska náttúrufræðifélags
VH0414) gat vaxið á æti með járn(II)
súlfat sem eina orkugjafa.
Umræður
Búist var við því fyrirfram, á miðað
við reynslu erlendra hellaörveru-
fræðinga,1,6,27,28 að erfitt gæti reynst
að einangra og rækta í hreinrækt
þá geislagerla sem búist var við að
mynduðu meginmassa vegghrúð-
ursins. Með því að sá á afar nær-
ingarefnasnautt æti (1NA) og rækta
við lágt hitastig (ýmist 15 eða 4°C),
þá óx upp og náðist í hreinrækt
nokkur fjöldi stofna með dæmigerð
útlitseinkenni geislagerla (kóloníur
sem fá svepplíka, greinótta og/eða
loðna áferð við ræktun um lengri
tíma eða við næringarefnasnauðar
aðstæður). Meðal þeirra geislagerla
sem náðust í hreinrækt úr Vatns-
hellissýnunum reyndust vera þrír
stofnar sem tilheyra svokölluðum
nókardíum og nókardíulíkum (e. no-
cardioform) bakteríum, auk Arthro-
bacter, Plantibacter og Patulibacter
stofna (5. mynd).
Nókardíur og nókardíulíkar
bakteríur í hellaslími Vatnshellis
Nókardíur og nókardíulíkir geisla-
gerlar mynda mikið greinda, sveppa-
þráðlíka þræði með óreglulegum
milliveggjum (e. septa). Þræðirnir
vaxa yfir og ofan í agarinn og bera
yfirþræðirnir (e. aerial hyphae) ekki
gró, en undirþræðirnir (e. substrate
hyphae) eða, hjá sumum tegundum,
bæði undir- og yfirþræðirnir geta
brotnað upp í óreglulegar staf- og
kúlulaga einingar sem um margt
minna á gró.29–31 Formgerð þessi
var um tíma sögð þróunarfræðilegt
millistig á milli hinna einföldu
lurklaga (e. coryneform) geislagerla á
borð við Corynebacterium sem aldrei
mynda sveppaþráðlíkan vöxt og
hinna formfræðilega flóknu eigin-
legu geislagerla á borð við Actino-
myces og Streptomyces sem mynda
flókna sveppaþráðlíka þræði og
gró í gróhirslum.32 Núgildandi
flokkunarfræði geislagerla, þar sem
nókardíulíkir gerlar virðast einkum
koma fyrir í sínum eigin þróunar-
sögulegu greinum, styður hins vegar
ekki hugmyndina um nókardíulíki
sem þróunarfræðilegt millistig.31
Nókardíulíkir gerlar koma fyrir
í nokkrum ættum geislagerla, svo
sem Nocardiaceae, Nocardioidaceae
og Intrasporangiaceae.31 Þeir virðast
algengir í hellaumhverfi,9,11,33–36 í
sumum tilfellum ráðandi hluti líf-
ríkisins,36 og má leiða að því líkur að
þeir gegni þar mikilvægu hlutverki.
5. mynd. Skyldleikagreining á geislagerlum. Röðum úr flokki Actinobacteria sem rað-
greindar voru út frá vísi 27F og voru lengri en 600 kirni var samraðað með MUSCLE
algóriþma og tré teiknað með neighbour-joining aðferð. Markverðugleikagildin við
greiningarpunkta eru bootstrap-prósentur eftir 1000 endurtekningar. Greinalengd er
í hlutfalli við reiknaðan skyldleika og sýnir fjölda varðveittra útskiptinga meðal þeirra
basa sem notaðir voru, en þeir voru 566 eftir að öll set sem innihéldu göt eða óákveðinn
basa í einhverri röð samröðunarinnar höfðu verið útilokuð. – The evolutionary history of
Actinobacteria was inferred using the Neighbour-Joining method. The percentage of
replicate trees in which the associated taxa clustered together in the bootstrap test (1000
replicates) are shown next to the branches. The tree is drawn to scale, with branch lengths
in the same units as those of the evolutionary distances used to infer the phylogenetic tree.
The evolutionary distances were computed using the number of differences method and are
in the units of the number of base differences per sequence. All positions containing gaps
and missing data were eliminated, yielding a total of 566 positions in the final dataset.
Evolutionary analyses were conducted in MEGA5.
VH0501
AB245391 Kribbella ginsengisoli
AM778575 Kribbella catacumbae
AM778577 Kribbella sancticallisti
EF126967 Kribbella aluminosa
AB245387 Aeromicrobium panaciterrae
VH0424
AF005022 Aeromicrobium fastidiosum
AJ003055 Propionibacterium avidum
X79289 Rhodococcus erythropolis
AF430051 Nocardia soli
VH0212
AY222321 Nocardia alba
AJ399485 Streptomyces arenae
AJ544063 Cryobacterium psychrophilum
AJ310417 Plantibacter flavus
EF593038 Microbacterium soli
X80738 Arthrobacter crystallopoietes
AJ243422 Arthrobacter luteolus
AJ536198 Micrococcus luteus
VH0708
AF235091 Arthrobacter sulfonivorans
AF180950 Renibacterium salmoninarum
VH0251
AJ640198 Arthrobacter stackebrandtii
U65647 Rubrobacter radiotolerans
CP001854 Conexibacter woesei
AJ871306 Patulibacter americanus
VH0809
AB193261 Patulibacter minatonensis
X80725 Escherichia coli
90
100
100
97
100
100
58
99
92
81
63
100
100
90
91
64
100
83
85
93
91
79
90
60
85
80
60
98
10