Náttúrufræðingurinn - 2013, Blaðsíða 26

Náttúrufræðingurinn
134
Nocardia (fam. Nocardiaceae)
Margar tegundir Nocardia ættkvíslar-
innar, sem nókardíur og nókardíu-
líkir gerlar draga nafn sitt af, eru
auðræktanlegar og finnast í ýmsu
umhverfi þar sem þær stunda
gjarnan loftháð rotlífi.37 Þetta er því
fremur stór ættkvísl, en 101 tegund
var skráð þann 26. ágúst 2013 á á lista
yfir viðurkennd flokkunarheiti dreif-
kjörnunga (List of Prokaryotic Names
with Standing in Nomenclature).38
Að minnsta kosti þrjár Nocardia
tegundir eru fyrst og fremst tengdar
hellaumhverfi, en tegundirnar N.
altamirensis, N. jejunensis og N. spe-
luncae voru fyrst einangraðar úr
hellum, N. altamirensis úr vegghrúðri
í Altamira helli á Spáni,34 hinir tveir
úr jarðvegi á hellisgólfi á Jeju-eyju
undan ströndum Kóreu.35,39 Margar
tegundanna teljast jarðvegsgerlar og
hafa nókardíur einangrast úr ýmsum
jarðvegi. Má þar sem dæmi nefna
nokkrar tegundir sem einangrast
hafa úr snauðum eldfjallajarð-
vegi, svo sem á eynni Stromboli40
og á Nýju-Kaledóníu41. Í Vatns-
helli einangraðist stofn VH0212 úr
hrúðri af afgirtum steini í Bárðar-
stofu. Hann einangraðist á afar nær-
ingarefnasnauðu æti (1NA) við 15°C
og myndar snjóhvítar, trefjakenndar
kóloníur (gerð 31).
Kribbella og Aeromicrobium (fam.
Nocardioidaceae)
Tveir fulltrúar nókardíulíkra gerla
úr ætt Nocardioidaceae, sem báðir
mynda glitrandi hvítar eða glærar
kóloníur, gerðir 18 og 27, á 1NA við
4°C, einangruðust úr vegghrúðri
í Vatnshelli og reyndust þeir til-
heyra hvor sinni ættkvíslinni. Stofn
VH0501, sem reyndist tilheyra ætt-
kvíslinni Kribbella, einangraðist úr
vegghrúðrinu við hringstigann
niður í Iður. Tvær tegundir þess-
arar ættkvíslar, K. catacumbae og K.
sancticallisti voru fyrst einangraðar
úr veggslikju í katakombum í Róma-
borg42 og eru þar meðal ráðandi
baktería slikjunnar43. Enn ein tegund,
K. aluminosa var einangruð úr veggs-
likju í löngu yfirgefinni álúnnámu
frá miðöldum í Þýringaskógi í
Þýskalandi.44 Það er því ljóst að
nokkrir meðlimir ættkvíslarinnar
eru þekktir að því að þrífast í eins
konar hellaslími, þó raunar séu
flestar tegundir ættkvíslarinnar helst
einangraðar úr jarðvegi.45–49 Þó svo
varlega skuli farið í nota 16S rDNA
raðir til að flokka bakteríur fínna en
til ættkvíslar,50 þá gefa niðurstöður
greiningarinnar (5. mynd, 2. tafla) til
kynna að stofn VH0501 sé líkastur
K. ginsengisoli og kunni því að falla
í „hóp A“ sem Curtis og Meyers
skilgreindu út frá MLSA greiningu
byggðri á fimm genum,51 en í
þeim hópi eru einnig katakombu-
bakteríurnar K. catacumbae og K.
sancticallisti. Ættkvíslin er staðsett
í Nocardioidaceae ættinni og telst til
nókardíulíkra geislagerla.
Stofn VH0424 reyndist hins
vegar tilheyra ættkvíslinni Aero-
microbium. Hann einangraðist úr
vegghrúðrinu á Vættagangi. Aero-
microbium gerlar hafa ekki áður
einangrast úr hellaumhverfi svo
vitað sé og virðast raunar helst
einangrast úr sjávarumhverfi.52,53,54
Nýverið einangruðu þó Peeters
et al. Aeromicrobium stofn úr
örveruslikju í möl á Suðurskauts-
landinu.55 Einnig hafa gen þeirra
fundist í jarðvegi í köldu um-
hverfi, til dæmis úr olíumenguðum
jarðvegi á King George-eyju við
Suðurskautslandið.56
Þess má geta í þessu samhengi,
að í rannsókn Cockell et al. á
bakteríum í basalti í Valafelli nærri
Heklu sáust meðal kjarnsýruraða í
klónasafni merki um nókardíulíka
gerla í sýnunum. Það er, annars
vegar klón sem líktist Nocardiaceae
gerlum (t.d. Nocardia og Rhodococ-
cus) og hins vegar þrjú klón sem
líktust Nocardioidaceae gerlum (svo
sem Nocardioides, Aeromicrobium
og Marmoricola).57 Raunar hefur
einnig nokkuð af nókardíulíkum
bakteríum, einkum af Rhodococcus
ættkvísl, einangrast úr ýmsum
vistgerðum hérlendis, svo sem
úr mýrarlæk á Glerárdal16 og úr
fléttum og jarðvegi á norður- og
miðhálendinu (Oddur Vilhelmsson
o.fl., óbirt).
Aðrir geislagerlar: Arthrobacter,
Plantibacter og Patulibacter
Nokkrir stofnar lurklaga (e. coryne-
form) geislagerla einangruðust úr
sýnunum, þar á meðal þrír stofnar
(VH0248, VH0251 og VH0708) sem
reyndust tilheyra ættkvíslinni Ar-
throbacter og einn (VH0414) sem til-
heyrir ættkvíslinni Plantibacter. Sú
síðarnefnda er tiltölulega ný ættkvísl
innan Microbacteriaceae ættarinnar
og inniheldur aðeins tvær tegundir,
P. flavus58 sem einangraðist úr grasi
og P. auratus, en hennar uppruni er
óþekktur59. Áhugavert er að stofn
VH0414, fulltrúi þessarar lítt þekktu
ættkvíslar, er eini stofninn af þeim
28 sem prófaðir voru sem gat vaxið
á járnsúlfatætinu 9K. Hann er því
bæði afar sýruþolinn (pH-gildi 9K
er 3,0 [fyrir þrýstisuðu]) og fær um
járnoxandi frumframleiðslu, en ætið
inniheldur engan kolefnisgjafa. Ekki
er vitað til þess að járnoxunareigin-
leikar Plantibacter gerla hafi verið
kannaðir áður. Arthrobacter er hins
vegar fremur stór ættkvísl innan
ættar míkrókokka (Micrococcaceae)
og telur 80 tegundir.38 Ættkvíslin
telst til algengra jarðvegsgerla og
er víða að finna í náttúrunni. Meðal
annars hafa bakteríur af Arthrobacter
ættkvísl fundist í köldu hellaum-
hverfi í Síberíu60 og í íshelli í austur-
rísku Ölpunum61. Raunar er nokkur
fjöldi Arthrobacter tegunda upp-
haflega einangraður úr köldu um-
hverfi, svo sem úr jökulaur62 og
úr jarðvegi og seti á Suðurskauts-
landinu63. Sumar tegundir þess-
arar ættkvíslar eru þekktar að krist-
allamyndun og koma við sögu í
myndun útfellinga í hellum.64–66 Má
þar einkum nefna A. sulfonivorans
sem talin er bera ábyrgð á myndun
kalsítútfellinga í Herrenberg helli
í Þýskalandi.65 Þótt lífrænar útfell-
ingar (e. biomineralization) séu
þekktari í karsthellum, þá eru þær
einnig þekktar í sumum hraun-
hellum, til að mynda á Azóreyjum.5
Einkar forvitnilegt væri að kanna
nánar þátt örvera bæði í veðrun og
annarri mótun Vatnshellis.
Einn stofnanna (VH0809) sem
einangraður var úr rauðbrúnni gólf-