Náttúrufræðingurinn - 2013, Blaðsíða 24

Náttúrufræðingurinn
132
Flokkur
– Classis
Stofn
– Srain
Vörslunúmer
– Acces-
sion no.
Flokkun (% öryggi)
– Classification (%
confidence
Líkasta GenBank röð (nr., einsleitni [%]) og uppruni hennar (heimild). – Most similar
GenBank sequence (accession no., identity [%]) and its origin (reference).
Actinobac-
teria
VH0212 KF577506 Nocardia (100) Nocardia alba (NR_025726, 99) úr jarðvegi í Kína (111)
VH0424 KF577531 Aeromicrobium (100) Óræktað klón ncd20a05c1 (HM251766, 99) af húð manns í Washington DC (112)
VH0501 KF577532 Kribbella (100) Kribbella ginsengisoli (AB245391, 98) úr jarðvegi á ginsengakri í Kóreu (48)
VH0414 KF577528 Plantibacter (74) Plantibacter flavus P297/02 (NR_025462, 100) af grasi í Þýskalandi (58)
VH0708 KF577539 Arthrobacter (100) Arthrobacter sp. HLT1-9 (JX949521, 99) úr jökulís í Kína (NCBI [óbirt])
VH0251 KF577519 Arthrobacter (100) Arthrobacter stackebrandtii (NR_042258, 98) úr hænsnaskít í Tékklandi (113)
VH0248 KF577517 Renibacterium (71) Arthrobacter sulfonivorans ALL (KC778396, 97) úr jarðvegi við Shuleá í Kína (NCBI [óbirt])
VH0809 KF577542 Patulibacter (100) Patulibacter minatonensis (NR_041254, 99) úr jarðvegi í Japan (114)
Bacilli VH0101 KF577494 Bacillus (100) Bacillus sp. DU67 (HM567124, 100) úr hestaskít í Þýskalandi (115)
VH0114 KF577496 Bacillus (100) Bacillus sp. PG-2010-17 (FR746081, 99) úr jarðvegi (116)
VH0138C KF577501 Bacillus (100) Bacillus sp. PG-2010-17 (FR746081, 99) úr jarðvegi (116)
VH0107 KF577495 Paenibacillus (100) Paenibacillus polymyxa (AY942618, 97) úr baðmull (NCBI [óbirt])
VH0125 KF577498 Paenibacillus (88) Paenibacillus castaneae (JN819578, 99) af yfirborði apatíts (117)
VH0139 KF577502 Paenibacillus (99) Paenibacillus sp. MBEE99 (AB733551, 99) úr sjó (NCBI [óbirt])
VH0204 KF577505 Paenibacillus (86) Paenibacillus sp. PAMC 26814 (KF011688, 98) úr túndrujarðvegi í Alaska (NCBI [óbirt])
VH0226 KF577508 Paenibacillus (87) Paenibacillus sp. PAMC 26814 (KF011688, 99) úr túndrujarðvegi í Alaska (NCBI [óbirt])
VH0412 KF577527 Paenibacillus (100) Paenibacillus macquariensis (AB360547, 99) úr jarðvegi í austanverðri Síberíu (118)
VH0401 KF577524 Fontibacillus (81) Paenibacillus sp. PAMC 26814 (KF011688, 99) úr túndrujarðvegi í Alaska (NCBI [óbirt])
VH0203 KF577504 Paenisporosarcina (100) Sporosarcina sp. Zs16 (JQ977459, 99) úr rótarhveli kornsúru undir snjó í Tianshan-fjöllum í Kína (NCBI [óbirt])
VH0240 KF577514 Paenisporosarcina (100) Paenisporosarcina sp. Ha23 (JX949202, 99) úr jökulís í Kína (NCBI [óbirt])
VH0234 KF577509 Paenisporosarcina (100) Sporosarcina macmurdoensis (NR_025573, 99) úr örverubreiðu á Suðurskautslandinu (103)
VH0247 KF577516 Staphylococcus (100) Staphylococcus saprophyticus (NR_074999, 100) úr þvagi (119)
Sphingo-
bacteria
VH0406 KF577526 Pedobacter (100) Óræktað klón ncd2073d04c1 (JF178263, 99) af húð manns í Washington DC (112)
VH0701 KF577537 Mucilaginibacter (100) Óræktað klón sdm40 (JQ798421, 99) úr jarðvegi í Kína (NCBI [óbirt])
VH0703 KF577538 Mucilaginibacter (100) Mucilaginibacter sp. KHI 28 (HM204914, 98) úr jarðvegi í Kóreu (NCBI [óbirt])
Alphapro-
teobacteria
VH0246 KF577515 Rhodopseudomonas (75) Óræktað klón CBNH_032205_1 (FJ807444, 99) úr sigvatnsmenguðum árbakka í New Hampshire (NCBI [óbirt])
VH0249 KF577518 Bosea (100) Bosea thiooxidans BJC15-B33 (JX401443, 99) úr sífrera í norðanverðu Kína (NCBI [óbirt])
Betaproteo-
bacteria
VH0138 KF577500 Polaromonas (99) Polaromonas sp. TMT 2-30-2 (JX950022, 98) úr jökulís í Kína (NCBI [óbirt])
VH0236 KF577511 Polaromonas (100) Óræktað klón Kuy295-166 (EU267887, 99) úr snjó á jökli í Kína (120)
VH0405 KF577525 Collimonas (83) Glaciimonas sp. N1-38 (JX545209, 99) úr sífrera í austanverðri Síberíu (NCBI [óbirt])
VH0418 KF577530 Acidovorax (100) Óræktað klón Set 2-38 (JQ684149, 99) úr flagsól (Scutellinia teg.) á rotnandi eik (121)
VH0416 KF577529 Janthinobacterium (98) Óræktað klón POB14 (JQ697094, 100) úr móamýri í Obukhovskoye í Rússlandi (122)
VH0235 KF577510 Janthinobacterium (100) Janthinobacterium lividum SQ66 (KC920976, 98) úr tinnámu í Kína (NCBI [óbirt])
VH0239A KF577513 Janthinobacterium (100) Óræktað klón nbt136d05 (FJ894835, 98) af músarhúð (123)
VH0604 KF577536 Janthinobacterium (100) Janthinobacterium sp. MDB2-19 (JX949583, 99) úr jökulís í Kína (NCBI [óbirt])
Gammapro-
teobacteria
VH0118 KF577497 Pseudomonas (100) Pseudomonas sp. 01xTSA12A_H09 (HM113673, 99) úr jarðvegi í Alaska (124)
VH0137 KF577499 Pseudomonas (67) Pseudomonas sp. Era9 (JQ977152, 99) úr rótarhveli alpafífils undir snjó í Tianshan-fjöllum í Kína (NCBI [óbirt])
VH0201 KF577503 Pseudomonas (100) Óræktað klón S5-253 (HM011925, 99) úr jarðvegi á refasmáraakri í Kanada (NCBI [óbirt])
VH0221 KF577507 Pseudomonas (100) Pseudomonas sp. A6.10 (KC433639, 99) af Suðurskautslandinu (NCBI [óbirt])
VH0255 KF577520 Pseudomonas (100) Pseudomonas sp. UA-JF3602 (KC583349, 99) úr árvatni Jökulsár á Fjöllum (17)
VH0301 KF577521 Pseudomonas (100) Pseudomonas sp. A17(2011) (JN228277, 99) [uppruni ekki gefinn upp] (NCBI [óbirt])
VH0307 KF577522 Pseudomonas (100) Pseudomonas sp. A17(2011) (JN228277, 99) [uppruni ekki gefinn upp] (NCBI [óbirt])
VH0308 KF577523 Pseudomonas (100) Pseudomonas sp. A17(2011) (JN228277, 99) [uppruni ekki gefinn upp] (NCBI [óbirt])
VH0601 KF577533 Pseudomonas (99) Pseudomonas sp. Tibet-IB13 (DQ177464, 99) úr sífrera á Qinghai-Tíbet hásléttunni (125)
VH0602 KF577534 Pseudomonas (100) Pseudomonas fragi (HQ824990, 99) úr jökulaur úr austurrísku Ölpunum (126)
VH0603 KF577535 Pseudomonas (100) Pseudomonas sp. 4–43 (GU213312, 99) úr jökulruðningi við Dammajökul í Sviss (NCBI [óbirt])
VH0801 KF577540 Pseudomonas (100) Pseudomonas sp. 360 (GU213345, 99) úr jökulruðningi við Dammajökul í Sviss (NCBI [óbirt])
VH0802 KF577541 Pseudomonas (100) Pseudomonas sp. MDT1-85 (JX949570, 99) úr jökulís í Kína (NCBI [óbirt])
VH0239 KF577512 Nevskia (100) Nevskia ramosa (NR_025269, 99) úr vatni í Þýskalandi (71)
2. tafla. Kennigreining Vatnshellisbaktería út frá 16S rDNA hlutaraðgreiningu og uppruni líkustu raða í GenBank. – Identification of
Vatnshellir isolates by means of partial 16S rRNA gene sequencing and source of most similar GenBank sequences.