Náttúrufræðingurinn - 2013, Síða 30

Náttúrufræðingurinn
138
lyng- og fléttugróðri ofan hellisins
og það berist með hripvatni niður í
hellinn. Kann það að skýra þá stað-
reynd að sýnilegur örverugróður
er fyrst og fremst í lofti hellisins og
fer minnkandi eftir því sem horft er
niður eftir veggjunum. Mikilvægur
liður í næringarnámi hellabíótunnar
er því væntanlega niðurbrot fjölliða
á borð við glúkana og prótín og
sýnir lausleg athugun á prófætum
að stór hluti bíótunnar getur seytt
fjölliðukljúfandi ensímum á borð
við próteasa, amýlasa og beta-
glúkanasa. Metýlætur eru einnig
algengar í nágrenni við plöntur,
enda gefa vaxandi plöntur frá sér
metanól vegna afmetýlunar pektíns
frumuveggjarins.105 Stór hluti Vatns-
hellisbakteríanna virðist þrífast vel
á metanólæti án annarra kolefnis-
gjafa og teljast því metýlætur.
Köfnunarefni berst væntanlega
einnig í hellinn með hripvatni frá
jarðveginum fyrir ofan. Ætla má
að það sé að mestu á formi nítrats
og þvagefnis,106 en úreasapróf
á Vatnshellisstofnunum gefur til
kynna að úreasavirkni sé algeng á
meðal þeirra. All margir stofnanna
virðast þó dafna vel á niturfríu æti
og má því ætla að örveruhrúðrið sé
í heildina niturfixandi og þurfi því
ef til vill hvorki á yfirborðsnitri né
köfnunarefni basaltsins að halda.
Eins og komið hefur fram virðist þó
óhætt að ætla að sumir stofnanna séu
veðrandi og geti að einhverju leyti
nýtt sér ólífræn efni steindanna sem
7. mynd. Skyldleikagreining á harðskyrnum.
Röðum úr flokki Bacilli sem raðgreindar voru
út frá vísi 27F var samraðað með MUSCLE
algóriþma og tré teiknað með neighbour-
joining aðferð. Markverðugleikagildin við
greiningarpunkta eru bootstrap-prósentur
eftir 1000 endurtekningar. Greinalengd er
í hlutfalli við reiknaðan skyldleika og sýnir
fjölda varðveittra útskiptinga per set meðal
þeirra basa sem notaðir voru, en þeir voru
723 eftir að öll set sem innihéldu göt eða
óákveðinn basa í einhverri röð samröðunar-
innar höfðu verið útilokuð. – The evolution-
ary history of Firmicutes was inferred using the Neighbor-Joining method. The percentage of replicate trees in which the associated taxa
clustered together in the bootstrap test (1000 replicates) are shown next to the branches. The tree is drawn to scale, with branch lengths in
the same units as those of the evolutionary distances used to infer the phylogenetic tree. The evolutionary distances were computed using the
Maximum Composite Likelihood method (127) and are in the units of the number of base differences per sequence. All positions containing
gaps and missing data were eliminated, yielding a total of 723 positions in the final dataset. Evolutionary analyses were conducted in MEGA5.
D83363 Staphylococcus epidermidis
D83355 Staphylococcus aureus
AP008934 Staphylococcus saprophyticus
VH0247
AE016877 Bacillus cereus
AB190217 Bacillus anthracis
VH0138C
VH0101
AB021199 Bacillus weihenstephanensis
VH0114
AB245380 Bacillus panaciterrae
AJ250318 Bacillus shackletonii
U49078 Bacillus sporothermodurans
AB021189 Bacillus lentus
AF234854 Bacillus safensis
AY550276 Bacillus cibi
FM162181 Bacillus galliciensis
AJ276351 Bacillus subtilis
CP000002 Bacillus licheniformis
AJ316309 Bacillus muralis
VH0203
VH0234
VH0240
AJ514408 Paenisporosarcina macmurdoensis
DQ333897 Paenisporosarcina quisquiliarum
AF202057 Sporosarcina ureae
D16277 Sporosarcina psychrophila
DQ073394 Sporosarcina soli
FN298444 Sporosarcina contaminans
AB243859 Sporosarcina saromensis
AB473560 Sporosarcina luteola
AJ293805 Geobacillus vulcani
AB112716 Brevibacillus agri
VH0139
AF391124 Paenibacillus terrae
D16276 Paenibacillus polymyxa
VH0107
VH0125
AY839868 Paenibacillus xinjiangensis
DQ309072 Paenibacillus soli
AM411528 Paenibacillus humicus
AB248087 Paenibacillus terrigena
EU558284 Paenibacillus tundrae
EU815294 Paenibacillus glacialis
VH0412
X60625 Paenibacillus macquariensis
X80725 Escherichia coli
99
77
100
90
99
100
88
100
31
29
36
38
99
98
100
61
85
99
95
100
43
91
83
79
76
100
55
98
91
100
82
55
78
60
68
75
64
26
29
23
72
38
0.02