Náttúrufræðingurinn - 2013, Blaðsíða 21

129
Tímarit Hins íslenska náttúrufræðifélags
var metinn með bootstrap aðferð22
með 10.000 endurtekningum fyrir
hvert tré.
Næringarnámspróf voru öll fram-
kvæmd við 15°C á 1,5% agar og
var lesið af þeim þegar greinilegur
vöxtur hafði myndast á skálunum
eða eftir eina viku. Á lágmarksætin
var þess gætt að sá með nál svo sem
minnst af næringarefnum bærist
með sáningunni. Seyting amýlasa
var metin með joðprófi23 á R2A
þynntu að hálfum næringarefnastyrk
og bættu með 0,2% kartöflusterkju.
Að lokinni ræktun var örverugróður
skolaður af skálinni með dauð-
hreinu vatni og skálarnar því næst
litaðar með Grams-joðlausn, svörun
var jákvæð ef skýr litareyða var
sýnileg. Seyting betaglúkanasa var
metin á R2A þynntu að hálfum nær-
ingarefnastyrk og bættu með 0,2%
AZCL-lituðu betaglúkani úr byggi
(Megazyme). Svörun var jákvæð ef
skýr, blár baugur myndaðist um-
hverfis örveruvöxtinn. Seyting
próteasa var metin á 1:1 NA:undan-
rennu23 og var jákvæð ef skýr
eyðubaugur myndaðist umhverfis
örverugróðurinn. Hæfni til niður-
brots á fjölsorbati var metin með
því að mæla vöxt á DFM lágmarks-
æti24 með 0,2% Tween20 (Sigma)
sem eina kolefnisgjafa. Vísbending
um líklega niturfixunarhæfni
var vöxtur á niturfríu æti (NFA):
5 g glúkósi, 5 g mannitól, 0,8 g
KH2PO4, 0,2 g MgSO4*7H2O, 0,15 g
CaCl2, 0,04 g FeSO4*7H2O, 0,005 g
Na2MoO4*2H2O, 15 g agar og dH2O
að 1000 mL (pH 7,0). Hæfni til að
leysa (móbilísera) ólífrænt fosfat var
metið á NBRIP25 og var svörun sögð
jákvæð ef bæði skýr vöxtur og skýr
eyðubaugur voru til staðar. Hæfni
til að nýta metanól sem kolefnis-
gjafa var metin á MSM lágmarksæti:
3,0 g NH4NO3, 2,5 g KH2PO4, 2,0 g
K2HPO4, 0,2 g MgSO4*7H2O, 0,1 g
FeSO4*7H2O, 10,0 ml metanól, 15 g
agar (pH 7,3). Hæfni til járnoxunar
var metin á 9K æti26 með viðbættum
1,5% agar. Úreasavirkni var metin
skv. Tindall et al.23 í 0,1% BES, 2%
þvagefni og 0,001% fenólrauðum
(pH 7,0).
Niðurstöður
Nokkur fjölbreytileiki var meðal
þeirra baktería sem ræktuðust
upp úr sýnunum, en alls 52 mis-
munandi kóloníugerðum var lýst
með víðsjárskoðun við einangrun
(1. tafla). Ekki þótti rétt að meta
fjölda baktería í sýnunum, hvorki
heildargerlafjölda né fjöldahlut-
föll mismunandi kóloníugerða,
þar sem ljóst þótti að breytingar
hefðu að líkindum orðið á fjölda
og innbyrðis hlutföllum örveranna
í sýnunum við flutning. Mark-
mið ræktunartilrauna var því
einvörðungu að fá í endurræktan-
legar hreinræktir fulltrúa sem
flestra þeirra örverugerða sem finna
mátti í sýnunum. Eins og sjá má í
1. töflu reyndust einangrunarætin
gefa mismunandi kóloníugerðir
og má því ætla að notkun mis-
munandi æta, þar á meðal afar nær-
ingarefnasnauðs ætis (1NA) hafi
skilað tilætluðum árangri. Það er,
að auka heimtur á fjölbreytileika
örverulífríkis hellisins og auka líkur
á að ná í rækt torræktanlegum og ef
til vill áður óræktuðum bakteríum.
Af þeim 180 bakteríustofnum
sem einangraðir voru og teknir til
varðveislu í stofnasafni Háskólans
á Akureyri hafa 49 stofnar verið
kennigreindir með raðgreiningu
á 16S rRNA geni þeirra. Þar af
reyndust átta stofnar tilheyra flokki
geislagerla, en flestir kennigreindu
stofnarnir tilheyrðu ýmist flokki
Bacilli eða Gammaproteobacteria (14
stofnar í hvorum flokki). Einnig
reyndust átta stofnar tilheyra flokki
Betaproteobacteria, þrír Sphingobac-
teria og tveir Alphaproteobacteria (2.
tafla).
Nokkrir einkennisþættir næringar-
náms voru kannaðir á handahófs-
völdum hluta stofnasafnsins. Heild-
arniðurstöður voru þær að 30% kann-
aðra stofna gátu nýtt sér sterkju (n=66),
13% beta-glúkan (n=66), 24% kaseín
(n=66), 22% fjölsorbatið Tween-20
(n=18), 23% metanól (n=30), 36%
sýndu úreasa-virkni (n=28), 44%
gátu vaxið á niturfríu æti (n=36),
47% gátu nýtt sér ólífrænt fosfat
(n=19) og einn stofn af 28 (stofn
3. mynd. Uppdráttur af Vatnshelli og sýnatökustaðir. Mæling: Árni B. Stefánsson, Gunn-
hildur Stefánsdóttir, júlí 2009 og janúar 2010. Kortagerð og teikning: Árni B. Stefánsson.
Merking sýnatökustaða: Egill B. Thorstensen. – A map of Vatnshellir cave and location of
sampling points. Geodetic measurements: Árni B. Stefánsson, Gunnhildur Stefánsdóttir,
July 2009 and January 2010. Mapping: Árni B. Stefánsson. Labeling of sampling points:
Egill B. Thorstensen.