Náttúrufræðingurinn

Årgang

Náttúrufræðingurinn - 2013, Side 28

Náttúrufræðingurinn - 2013, Side 28
Náttúrufræðingurinn 136 stofninn tilheyri Glaciimonas (6. mynd). Önnur áhugaverð ættkvísl úr flokki Betaproteobacteria er Pola- romonas, en bæði VH0138 og VH0236 reyndust tilheyra henni. Eins og nafnið bendir til eru þetta kulda- kærir gerlar sem fyrst og fremst hafa fundist í ýmsum vistgerðum á heimskauta- og háfjallasvæðunum, einkum í jökulís og jökulruðningi.85 Þær eru, hins vegar, sjaldséðari utan jökla. Þetta eru kuldakærar bakteríur sem almennt vaxa ekki við hitastig yfir 15°C.86 Þær eru aðlagaðar að lágum styrk næringarefna og hafa gjarnan yfir að ráða hæfileika til að nýta mikinn fjölda mismunandi kolefnis- og orkugjafa, þar á meðal torbrotin efni á borð við nafþalen og önnur fjölaromatísk sambönd.87 Að minnsta kosti ein tegund ætt- kvíslarinnar, P. hydrogenivorans, er valháð efnatillífandi (kemólithótró- físk), en hún er vetnisoxandi eins og nafnið bendir til og getur vaxið á H2:CO2 gasblöndu.88 Innan sömu ættar og Polaromonas (Coma- monadaceae) er Acidovorax, en stofn VH0418 reyndist tilheyra henni. Ekki er vitað til þess að Acidovorax hafi einangrast úr hellaumhverfi áður, en í nýlegri rannsókn Suko et al. á örverulífríki setlaga89 reyndist þessi ættkvísl einkar áberandi í neðanverðum borkjarna þar sem álitið var að hún hefðist við með nítratöndun, en nítratafoxun er algeng meðal Acidovorax tegunda. Fjórir stofnar reyndust tilheyra ættkvíslinni Janthinobacterium, en af þeirri ættkvísl, sem tilheyrir ætt Oxalobacteraceae, eru aðeins þekktar tvær tegundir. Það eru annars vegar hin fremur auðþekkta, dimmfjólubláa J. lividum sem fund- ist hefur víða hérlendis í árvatni og jarðvegi,16,17 og hins vegar sveppasýkillinn J. agaricidamnosum sem þekkt er að því að valda rot- skemmdum í matsveppum.90 Ekki er vitað til að Janthinobacterium hafi áður einangrast úr hellahrúðri, en hann á sér þó fulltrúa í klónasafni úr Carlsbad helli í Nýju-Mexíkó og töldu Barton et al. að hann gegndi þar hlutverki í köfnunarefnis- námi.36 Einnig reyndust þeir meðal algengustu gerla í loftsýnum úr Mogao helli í Kína.91 Þess má og geta að rannsóknir síðari ára í ýmsum karsthellum í Ölpunum og víðar hafa bent til þess að ýmsar tegundir innan þriggja ætta betapróteusargerla, Oxalobacteraceae, Comamonadaceae og Methylophilaceae, séu einkennandi (endemískar) fyrir hellaumhverfi og sérstaklega aðlagaðar að slíku umhverfi,6,92 en þeir betapróteusargerlar sem einangruðust í þessari rannsókn til- heyra einmitt fyrstnefndu ættunum tveim. Alfapróteusargerlar (classis Alphaproteobacteria) Tveir stofnar úr flokki Alphaproteo- bacteria einangruðust úr Vatnshelli, báðir úr sýni 2 í Bárðarstofu. Stofn VH0246 reyndist vera purpuragerill úr flokki Alfapróteusargerla, líkastur 6. mynd. Skyldleikagreining á betapróteusargerlum. Röðum úr flokki Betaproteobacte- ria sem raðgreindar voru út frá vísi 27F og voru lengri en 900 kirni var samraðað með MUSCLE algóriþma og tré teiknað með neighbour-joining aðferð. Markverðugleikagildin við greiningarpunkta eru bootstrap-prósentur eftir 1000 endurtekningar. Greinalengd er í hlutfalli við reiknaðan skyldleika og sýnir fjölda varðveittra útskiptinga per set. Tréð er reiknað út frá 642 setum, en öll set sem innihéldu göt eða óákveðinn basa í einhverri röð samröðunarinnar voru útilokuð úr greiningunni. – The evolutionary history of Betapro- teobacteria was inferred using the Neighbour-Joining method. The percentage of replicate trees in which the associated taxa clustered together in the bootstrap test (1000 replicates) are shown next to the branches. The tree is drawn to scale, with branch lengths in the same units as those of the evolutionary distances used to infer the phylogenetic tree. The evolu- tionary distances were computed using the Maximum Composite Likelihood method (127) and are in the units of the number of base substitutions per site. All positions containing gaps and missing data were eliminated, yielding a total of 642 positions in the final dataset. Evolutionary analyses were conducted in MEGA5. AM039830 Polaromonas aquatica EU030285 Polaromonas jejuensis VH0236 U14585 Polaromonas vacuolata VH0138 AY166684 Polaromonas naphthalenivorans DQ094183Polaromonashydrogenivorans AF078772 Comamonas terrigena AJ420329 Variovorax paradoxus AF137505Acidovoraxavenae FJ599672 Acidovorax soli VH0418 Y18616 Acidovorax defluvii AF078765 Acidovorax facilis AB201285 Burkholderia terrae VH0416 Y08846 Janthinobacterium lividum Y08845 Janthinobacterium agaricidamnosum EF688526 Massilia aerilata D14256 Duganella zoogloeoides U49757 Oxalobacter formigenes GU441679 Glaciimonas immobilis VH0405 AY281146 Collimonas arenae AJ310394Collimonas fungivorans AY281137 Collimonas pratensis X80725 Escherichia coli 98 99 99 98 99 90 75 85 63 99 76 99 92 54 74 44 98 100 34 23 82 75 52 41 0.02

x

Náttúrufræðingurinn

Direkte link

Hvis du vil linke til denne avis/magasin, skal du bruge disse links:

Link til denne avis/magasin: Náttúrufræðingurinn
https://timarit.is/publication/337

Link til dette eksemplar:

Link til denne side:

Link til denne artikel:

Venligst ikke link direkte til billeder eller PDfs på Timarit.is, da sådanne webadresser kan ændres uden advarsel. Brug venligst de angivne webadresser for at linke til sitet.