Náttúrufræðingurinn - 2013, Page 28

Náttúrufræðingurinn
136
stofninn tilheyri Glaciimonas (6.
mynd).
Önnur áhugaverð ættkvísl úr
flokki Betaproteobacteria er Pola-
romonas, en bæði VH0138 og VH0236
reyndust tilheyra henni. Eins og
nafnið bendir til eru þetta kulda-
kærir gerlar sem fyrst og fremst
hafa fundist í ýmsum vistgerðum á
heimskauta- og háfjallasvæðunum,
einkum í jökulís og jökulruðningi.85
Þær eru, hins vegar, sjaldséðari utan
jökla. Þetta eru kuldakærar bakteríur
sem almennt vaxa ekki við hitastig
yfir 15°C.86 Þær eru aðlagaðar að
lágum styrk næringarefna og hafa
gjarnan yfir að ráða hæfileika til að
nýta mikinn fjölda mismunandi
kolefnis- og orkugjafa, þar á meðal
torbrotin efni á borð við nafþalen
og önnur fjölaromatísk sambönd.87
Að minnsta kosti ein tegund ætt-
kvíslarinnar, P. hydrogenivorans, er
valháð efnatillífandi (kemólithótró-
físk), en hún er vetnisoxandi eins
og nafnið bendir til og getur vaxið
á H2:CO2 gasblöndu.88 Innan
sömu ættar og Polaromonas (Coma-
monadaceae) er Acidovorax, en stofn
VH0418 reyndist tilheyra henni.
Ekki er vitað til þess að Acidovorax
hafi einangrast úr hellaumhverfi
áður, en í nýlegri rannsókn Suko et
al. á örverulífríki setlaga89 reyndist
þessi ættkvísl einkar áberandi í
neðanverðum borkjarna þar sem
álitið var að hún hefðist við með
nítratöndun, en nítratafoxun er
algeng meðal Acidovorax tegunda.
Fjórir stofnar reyndust tilheyra
ættkvíslinni Janthinobacterium, en
af þeirri ættkvísl, sem tilheyrir
ætt Oxalobacteraceae, eru aðeins
þekktar tvær tegundir. Það eru
annars vegar hin fremur auðþekkta,
dimmfjólubláa J. lividum sem fund-
ist hefur víða hérlendis í árvatni
og jarðvegi,16,17 og hins vegar
sveppasýkillinn J. agaricidamnosum
sem þekkt er að því að valda rot-
skemmdum í matsveppum.90 Ekki
er vitað til að Janthinobacterium hafi
áður einangrast úr hellahrúðri, en
hann á sér þó fulltrúa í klónasafni
úr Carlsbad helli í Nýju-Mexíkó og
töldu Barton et al. að hann gegndi
þar hlutverki í köfnunarefnis-
námi.36 Einnig reyndust þeir meðal
algengustu gerla í loftsýnum úr
Mogao helli í Kína.91
Þess má og geta að rannsóknir
síðari ára í ýmsum karsthellum í
Ölpunum og víðar hafa bent til þess
að ýmsar tegundir innan þriggja ætta
betapróteusargerla, Oxalobacteraceae,
Comamonadaceae og Methylophilaceae,
séu einkennandi (endemískar)
fyrir hellaumhverfi og sérstaklega
aðlagaðar að slíku umhverfi,6,92
en þeir betapróteusargerlar sem
einangruðust í þessari rannsókn til-
heyra einmitt fyrstnefndu ættunum
tveim.
Alfapróteusargerlar (classis
Alphaproteobacteria)
Tveir stofnar úr flokki Alphaproteo-
bacteria einangruðust úr Vatnshelli,
báðir úr sýni 2 í Bárðarstofu. Stofn
VH0246 reyndist vera purpuragerill
úr flokki Alfapróteusargerla, líkastur
6. mynd. Skyldleikagreining á betapróteusargerlum. Röðum úr flokki Betaproteobacte-
ria sem raðgreindar voru út frá vísi 27F og voru lengri en 900 kirni var samraðað með
MUSCLE algóriþma og tré teiknað með neighbour-joining aðferð. Markverðugleikagildin
við greiningarpunkta eru bootstrap-prósentur eftir 1000 endurtekningar. Greinalengd er
í hlutfalli við reiknaðan skyldleika og sýnir fjölda varðveittra útskiptinga per set. Tréð er
reiknað út frá 642 setum, en öll set sem innihéldu göt eða óákveðinn basa í einhverri röð
samröðunarinnar voru útilokuð úr greiningunni. – The evolutionary history of Betapro-
teobacteria was inferred using the Neighbour-Joining method. The percentage of replicate
trees in which the associated taxa clustered together in the bootstrap test (1000 replicates)
are shown next to the branches. The tree is drawn to scale, with branch lengths in the same
units as those of the evolutionary distances used to infer the phylogenetic tree. The evolu-
tionary distances were computed using the Maximum Composite Likelihood method (127)
and are in the units of the number of base substitutions per site. All positions containing
gaps and missing data were eliminated, yielding a total of 642 positions in the final dataset.
Evolutionary analyses were conducted in MEGA5.
AM039830 Polaromonas aquatica
EU030285 Polaromonas jejuensis
VH0236
U14585 Polaromonas vacuolata
VH0138
AY166684 Polaromonas naphthalenivorans
DQ094183Polaromonashydrogenivorans
AF078772 Comamonas terrigena
AJ420329 Variovorax paradoxus
AF137505Acidovoraxavenae
FJ599672 Acidovorax soli
VH0418
Y18616 Acidovorax defluvii
AF078765 Acidovorax facilis
AB201285 Burkholderia terrae
VH0416
Y08846 Janthinobacterium lividum
Y08845 Janthinobacterium agaricidamnosum
EF688526 Massilia aerilata
D14256 Duganella zoogloeoides
U49757 Oxalobacter formigenes
GU441679 Glaciimonas immobilis
VH0405
AY281146 Collimonas arenae
AJ310394Collimonas fungivorans
AY281137 Collimonas pratensis
X80725 Escherichia coli
98
99
99
98
99
90
75
85
63
99
76
99
92
54
74
44
98
100
34
23
82
75
52
41
0.02