Læknaneminn - 01.04.2005, Page 101

Verkefni 3. árs læknanema
transmembrane part on the other hand differs with different
substrates.
With the recent sequencing of the human genome, as well as
the genomes of several mammalian species (e.g. mouse, rat,
cat, dog and chimpanzee) as well as non-mammalian species
(e.g. chicken, fugu fish and drosophila) it is now possible to use
comparative genomics to study the function and structure of
human genes. In this project we will use comparative genomics
to compare the ABC transportes of seven species, human,
mouse, rat, chimpanzee, chicken, fugu fish and the fruitfly.
Methods: We did whole-gene comparison of the ABC trans-
porter genes known in humans; which consist of seven families,
each of which contains up to 13 genes, a total of 48 genes.
We obtained the sequences for the ABC genes of the differ-
ent species through the UC Santa Cruz Genome browser. For
each known ABC transporter gene in humans we obtained its
sequence as well as the sequences for the corresponding
genes in each of the other three mammalian species. For the
three non-mammalian species it is not always clear what the
correspoding gene is, or if there even is one. In these cases we
tried finding the most complete match. We used the multiple
sequence alignment program MAVID to obtain both the
sequence alignments and the gene trees.
Results: We compared the gene trees obtained for the differ-
ent ABC transporter genes, both to each other and the pre-
sumed phylogenetic tree of the species. The cystic fibrosis gene
CFTR, which is a member of the ABCC family, has also been
sequenced in multiple species and we performed a whole-gene
comparison for 13 species.
As was expected by the amount of divergence within the
ABC gene family the gene trees did not always conform to the
phylogenetic tree. The most conserved part of the genes are the
functionally important NBF, the subsequences corresponding to
them are unfortunately not available from any of the public data-
bases, but it would be an interesting project to compare those
alignments with the whole-gene results.
Keywords: ATP binding cassette (ABC) transporter, nucleotide
binding folds (NBF), sequence alignment, phylogenetic trees
and gene trees.
Athugun á bakteríuflóru á höndum starfs-
manna skurðdeilda LSH
Sæmundur Jón Oddsson1, Ólafur Guðlaugsson2, Guðrún Svanborg
Hauksdóttir3.
'Læknadeíld Háskóla íslands, "Sýkingavarnadeild LSH. "Rannsóknarstofnun LSH.
Bakgrunnur: Rannsóknir benda til þess að spítalasýkingar séu
algengari hér á landi en að meðaltali í Bandaríkjunum. Að auki
fjölgar bakteríustofnum sem eru fjölónæmir gegn sýklalyfjum.
Spítalasýkingar eru afar dýrar og oft lífshættulegar. Því er mikil-
vægt að sýkingavarnaeftirliti sé vel sinnt. Könnuð var bakteríu-
flóra á höndum starfsmanna skurðdeilda LSFI sem koma beint
að umönnun sjúklinga. Að auki var rannsakað hvort skartgrip-
anotkun hefði áhrif á bakteríuflóru líkt og erlendar rannsóknir
benda til.
Efniviður og aðferðir: Farið var á tvær skurðdeildir LSH án
sérstaks fyrirvara fyrír starfsfólk. Allir starfsmenn sem voru
beðnir um þátttöku veittu upplýst samþykki sitt og var fjöldinn
25 manns. Af þeim voru tekin sýni. Úrvinnsla sýna fól í sér taln-
ingar og tegundagreiningar. Fyrst var hver kólónía metin
macroscopiskt með tillíti til litar, stærðar, áferðar og lögunar. Sýni
voru grams lituð og smásjárskoðuð. Framkvæmd voru ýmis
greingarpróf, t.d. katalasapróf, oxidasapróf, StaphAurex-próf,
Ryu KOH-próf, API 20 E og API 20 NE. Við tölfræðilega
úrvinnslu var notast við Excel og SPSS forritið notað til að fram-
kvæma T-próf.
Niðurstöður: Fjöldi kólónía sem óx út frá fingraförum starfs-
manna var frá 4 upp í rúmlega 500. Algengustu tegundir voru
kóagúlasa neikv. Staphylococci, Micrococci, Bacillus cereus,
Streptococcus viridans, Chrysiobacterium indologenes og
Klebsiella pneumoniae. Tíðni B. Cereus á höndum starfsmanna
vakti athygli, þ.e. 32%. Meðaltal kólóníufjölda út frá T-prófi gaf til
kynna að skartgripir á höndum auka magn baktería.
Ályktun: Bakteríuflóra á höndum starfsmanna LSH er fjölþætt
og fundust ýmsir mögulegir skaðvaldar eins og t.d. K. þneum-
oniae og B. cereus sem eru þekktir fyrir að valda spítal-
asýkingum
Lykilorð: Bakteríuflóra, spítalasýkingar, skartgripir, sýklalyfjaó-
næmi.
Framför í fyrírbyggjandi beinvernd hjá
einstaklingum á langtíma sykursterameðferð.
Sólveig Pétursdóttir', Unnsteinn I. Júlíusson2, Friðrik Vagn Guðjónsson3,
Björn Guðbjörnssonl ,4.
'Læknadeild Háskóla islands, "Heilbrigðisstofnun Þingeyinga, 3Heilsugæsla Akur-
eyrar, 'Rannsóknarstofa í gigtarsjúkdómum, Landspítali - háskólasjúkrahús.
Bakgrunnur: Beineyðandi áhrif langtíma sykursteranotkunar er
viðurkennd staðreynd í dag. Klínískar leiðbeiningar, þar sem skil-
greint er hvernig haga skal fyrirbyggjandi meðferð gegn steraor-
sakaðri beinþynningu hafa verið birtar af landlækni. Þrátt fyrir
mikla umfjöllun og góða greiningar- og meðferðarmöguleika
sýna rannsóknir hérlendis og erlendis að beinvernd er ekki full-
nægjandi hjá sjúklingum á langtíma sykursterameðferð. Mark-
mið þessarar rannsóknar er að kanna hvernig staðið er að bein-
vernd hjá þessum sjúklingahópi hér á landi. Ennfremur að
athuga hvort orðið hefur breyting frá 1995-96 þegar svipuð
rannsókn var framkvæmd á sama landssvæði og þessi rann-
sókn nær til.
LÆKNANEMINN
2005
99