Bændablaðið - 14.12.2023, Síða 69

69Bændablaðið | Fimmtudagur 14. desember 2023
STIGA
ST5266 P
40 ár
á Íslandi
Hágæða
snjóblásarar
Fjölbreytt úrval
Askalind 4 | Kópavogi | Sími 564 1864 | vetrarsol.is
VETRARSÓL er umboðsaðili
Gulltryggð gæði
Í síðastliðnum mánuði voru settar
fram nýjar skilgreiningar á næmi
P rP - arfgerða fyrir riðusmiti.
S kilgreiningarnar byggja á eldri
rannsóknum, nýjum rannsóknum
á gömlum riðuhjörðum og P M C A
næmiprófunum og taka til allra
sex sætana sem er nú hægt að
láta greina.
Í kjölfarið
var ráðist í
að uppfæra
framsetningu
á niðurstöðum
riðuarfgerða-
greininga í
Fjárvís í sam-
ræmi við þessar
nýju skil-
greiningar og þá
verkferla sem unnið verður eftir við
úrvinnslu á niðurstöðunum.
Niðurstöður riðuarfgerða-
greininga voru fyrst settar fram
á myndrænan hátt í Fjárvís fyrir
rúmu ári síðan með mismunandi
litum flöggum eftir því hvaða
arfgerð gripurinn bar. Hefðbundna
samsetta arfgerðin úr þrem sætum
stýrði litum á flöggunum en
breytileikar í einhverjum af þeim
þrem nýju sætum sem voru greind
fengu grátt flagg enda þá ekki
ljóst hvernig unnið yrði með þá
breytileika.
Í nýrri framsetningu er notast
við sama litaþema og í þeirri eldri,
það er að rauði liturinn er „verstur“
og táknar mikla áhættu sem síðan
fer minnkandi eftir því sem litirnir
breytast í gulan, síðan bláan og
loks grænan þar sem dökkgrænt
flagg táknar hina verndandi ARR-
genasamsætu.
Í nýrri framsetningu á riðu-
arfgerðum hefur hver genasamsæta
nú fengið sitt sérstaka flagg þar sem
heiti sætisins og tákn breytileikans
sem stýrir mótstöðunni kemur
fram og litur flaggsins skilgreinir
þá næmi samsætunnar. Þar sem
hver gripur hefur ávallt tvær
genasamsætur, eina frá föður
og aðra frá móður ætti gripur
með greiningu í öllum 6 sætum
ávallt að fá tvö flögg sem lýsa þá
samsetningu hans.
Þær upplýsingar sem liggja til
grundvallar merkingu gripsins með
flöggum geta annars vegar komið
úr niðurstöðum greiningar á lífsýni
eða úr svokallaðri Fjárvísgreiningu
sem er búin til í Fjárvís í þeim
tilfellum þar sem hægt er að spá um
arfgerð afkvæmis út frá arfgerðum
foreldra. Í einhverjum tilfellum
hafa gripir verið greindir oftar
en einu sinni fyrir eitt eða fleiri
sæti. Dæmi um þetta er til dæmis
gripur sem er með eldri greiningu
frá þeim tíma er aðeins var greint
í sætum 13 6 og 154 en hefur síðan
verði greindur aftur fyrir öll 6
sætin. Annað dæmi er til dæmis
gripur sem hugsanlega var í vor
greindur aðeins fyrir eitt eða fá sæti
en síðan hafa hin sætin verið greind
seinna. Einn gripur getur því verið
með niðurstöður úr fleiri en einu
sýni og Fjárvísarfgerð og eru nú
öll þessi gögn lögð saman til að
mynda eins skýra mynd af arfgerð
gripsins eins og hægt er.
Eins og með önnur gögn sem
unnið er með í ræktunarstarfinu er
mikilvægt að tryggja gæði þeirra
áður en farið er að vinna úr þeim.
Það þarf því að gera ákveðnar
villuprófanir á sýnaniðurstöðunum
til að tryggja eins og hægt er að
rétt niðurstaða hafi verið tengd við
réttan grip áður en farið er að vinna
með þær. Það geta jú alltaf orðið
mistök við sýnatöku eða skráningu
og jafnvel við greiningu á sýni.
Þegar sýnaniðurstöður berast
eru þær lesnar inn í Fjárvís. Hafi
sýnið verið forskráð á gripinn
við sýnatöku parar Fjárvís
niðurstöðurnar saman við gripinn
með sýnanúmerinu. Hafi sýnið
ekki verið forskráð er það engu
að síður lesið inn í Fjárvís og
geymt þar til hægt er að tengja
sýnanúmerið við ákveðinn grip.
Ö ll gögn eru lesin inn í Fjárvís
og geymd en eftir innlestur fer af
stað ákveðið ferill prófana sem sker
úr um það hvort óhætt sé að nota
gögnin í áframhaldandi vinnslur.
E ftirfarandi prófanir eru gerðar á
gögnunum fyrir úrvinnslu:
1. Skoðað hvort leyfileg gildi séu
í öllum sætum til að tryggja
að ekki hafi slæðst villur inn í
niðurstöðurnar.
2.Ef til er meira en ein greining
fyrir gripinn er skoðað hvort
þeim greiningum ber saman.
3 . Ef upplýsingar eru fyrir hendi
um arfgerðir foreldra er skoðað
hvort þær passa við niðurstöður
afkvæmisins.
4. Skoðað er hvort óeðlilegur fjöldi
breytileika finnist. Þar sem ekki
er vitað til þess að gripur geti
erft nema einn breytileika frá
hvoru foreldri ætti hver gripur
að hámarki að vera með tvo
breytileika þannig að ef fleiri
finnast þarf að skoða það betur.
Þau gögn sem staðist hafa þessa
prófun eru tekin til áframhaldandi
úrvinnslu. G ripirnir fá flagg
í samræmi við gögnin og þau
eru notuð í arfgerðarspám fyrir
afkvæmi. Í þeim tilfellum þar
sem gögnin hafa ekki staðist þetta
próf lenda þeir gripir á villulista og
ekki er unnið með þau áfram fyrr
en búið er að skera úr um hvað er
rétt í hverju tilfelli fyrir sig.
Eins og áður var nefnt ættu allir
gripir sem hafa upplýsingar um öll
6 sæti að fá 2 flögg. Þegar kemur
að því að úthluta flöggum er byrjað
á því að skoða hvort það finnist
breytileikar sem gefa rauð, blá
eða græn flögg. Ef enn þá vantar
flagg eða flögg hjá gripnum kemur
inn gult flagg sem táknar villigerð
eða að enginn breytileiki hafi erfst
annaðhvort frá öðru eða báðum
foreldrum. G ripir sem ekki hafa
upplýsingar um öll 6 sæti geta
einnig fengið flagg eða flögg ef
breytileikar finnast í þeim sætum
sem upplýsingar eru til fyrir. Dæmi
um þetta gæti verið gripur sem
hefur bara greiningu í sæti 171
og er greindur með Q R í því sæti.
Hann fær þá eitt dökkgrænt flagg
en ekki er mögulegt að spá fyrir
um hin sætin og því stendur hann
með eitt flagg þar til upplýsingar
fást fyrir hin sætin.
Vinnu vegna uppfærslu á Fjárvís
með tilliti til nýrrar úrvinnslu
á riðuarfgerðagögnum er ekki
lokið. Enn á eftir að uppfæra
arfgerðarspárnar í Fjárvís en það
verður gert í kjölfarið á þessari
uppfærslu. Arfgerðaspárhlutinn
er mjög mikilvægur þar sem eftir
því sem þéttari grunnur upplýsinga
byggist upp í gegnum greiningar
á riðuarfgerðum verður hægt að
spá fyrir um arfgerðir fleiri gripa
með meira öryggi og nýta þær
upplýsingar þegar velja á hvaða
gripi nauðsynlegt er að senda
úr sýni til greiningar. Með þeim
verkferlum sem nú hafa verið
settir upp við úrvinnslu gagnanna
í Fjárvís er verið að hámarka öryggi
á þeim arfgerðarspám sem unnar
verða í Fjárvís og geta í framtíðinni
sparað greininni umtalsverða
fjármuni í greiningarkostnað.
Leiðbeiningar á grunnatriðum
við innleiðingu verndandi arfgerða,
genasamsætur og erfðir er að finna
á heimasíðu RML og í hrútaskrá
2023 -2024.
G unnfríður E lín H reiðarsdóttir,
verkefnastjóri Þróunar og
verkefnastofu hjá R ML .
Ný framsetning á
riðuarfgerðum í Fjárvís
G unnfríður El ín
H reiðarsdóttir.
LANDVÉLAR | SMIÐJUVEGI 66 | 580 5800 | LANDVELAR.IS
Pressur
Skrúfu- og stimpil loftpressur,
loftkútar, slöngur, tengi og
aðrir fylgihlutir.
Fyrsta Bændablað
ársins 2024
kemur út
11. janúar
Kle�agörðum 11 - 10 4 R eykjavík - meiraprof.is - meiraprof@ meiraprof.is
R é ndin gilda
í E vrópu
A uknir atvinnumöguleikar
Í slensk og ensk námskeið
C - C E - D - C 1- C 1E - B / F ar
S kráning á námskeið er
inni á síðunni meiraprof.is
F yrirspurnir sendist á
meiraprof@ meiraprof.is
Í slensk námskeið mánaðarlega
E nsk námskeið 4 - 6 sinnum á ári