Læknablaðið : fylgirit - 01.01.2007, Page 39

ÁGRIP ERINDA / XIII. VÍSINDARÁÐSTEFNA HÍ
berkjufrumulínu sem nefnist VAIO. Þessi frumulína var útbúin
með retróveiruinnskoti (E6 og E7 æxlisbæligen) í berkjufrumur
úr mannslunga.
Aðferðir: Við beittum litningagreiningu, mótefnalitunum,
Western blot greiningu, confocal smásjárskoðun og sérhæfðum
ræktunaraðstæðum til að rannsaka svipgerð og starfsemi
VAIO. Frumulínan hefur verið ræktuð í meira en tvö ár (um 60
umsáningar).
Niðurstöður: VA10 sýnir hefðbundna þekjuvefssvipgerð í tvívíðri
rækt.Tjáning á Keratín 5,13,14 og 17 bendir til þess að VA10 hafi
basalfrumusvipgerð. Einnig tjáir VA10
K6þ4 integrin og p63 sem er einkennandi fyrir basalfrumur í
hinum ýmsu vefjum. VA10 myndar hátt rafviðnám þegar hún
er ræktuð á himnum í sérhæfðu ræktunaræti sem bendir til
þess að frumulínan myndi starfræn þéttitengi milli frumna.
Mótefnalitanir sýna að VA10 tjáir flesta þætti þéttitengsla-
flókans svo sem Claudin-1, Occludin, JAM, and ZOl. Confocal
skönnun sýnir að þéttitengsla-flókinn skiptir þekjunni í “apical”
og “basolateral” hluta og að aktin stoðgrindin binst greinilega
við þéttitengslaflókann. Pegar frumulínan er ræktuð í þrívíðu
millifrumuefni myndar hún skautað byggingarform þar sem
integrin eru tjáð á basolateral-hlutanum og tengja þar með
frumurnar við millifrumuefnið.
Ályktanir: Þessi frumulína býr yfir eiginleika sem gerir okkur
kleift að rannsaka áhrif sýkla og lyfja á varnir lungna en
þéttitengslaflókinn gegnir miklu hlutverki í því sambandi. Auk
þess sýnir basalfrumusvipgerð frumulínunnar að mögulegt er að
nýta hana til rannsókna á vefjasamsetningu berkjuþekju.
E 43 Samanburður í Mitf geninu milli fjarskyldra tegunda
leiðir í Ijós ný varðveitt svæði
Bencdikta S. Hafliðadóttir', Jón H. Hallsson2, Alexander Schepsky1, Heins
Arnheiter3, Eiríkur Steingrímsson1
'Lífefna- og sameindalíffræðistofa, læknadeild HÍ, 2Landbúnaðarháskóli
Íslands/Keldnaholt, -’Mammalian Development Section, National Institute
of Neurological Disorders and Stroke, National Institutes of Health,
Bethesda, MD, USA
bsh@hi.is
Inngangur: Mitf umritunarþátturinn (microphthahnia-assoáaXeá
transcription factor) tilheyrir fjölskyldu MYC próteina sem
innihalda basic Helix-Loop-Helix Leucine Zipper svæði.
Stökkbreytingar í Mitf geninu hafa áhrif á þroskun mismunandi
frumutegunda og valda meðal annars heyrnleysi í mönnum.
Nýlega hefur komið í ljós að Mitf kemur við sögu í myndun
sortuæxla og skiptir miklu máli við viðhald á stofnfrumum
litfrumna. Hér berum við saman Mitf genið og próteinið milli
fjarskyldra tegunda, bæði hryggdýra og hryggleysingja og finnum
ný varðveitt svæði. Einnig berum við saman stýrisvæði Mitf
gensins sem notað er í litfrumum (1M promoter) og 3XJTR
svæðið.
Efniviður og aðferðir: Raðirnar sem notaðar eru koma úr
almennum gagnabönkum eða fengust með raðgreiningu. Raðirnar
voru bornar saman með ClustalW forritinu. Við notuðum Mitf
3 UTR röðina og 1M stýrilinn úr mús til að finna viðeigandi raðir
í öðrum tegundunum með BLAST. TargetScan forritið var notað
til að finna miRNA bindiset í 3TJTR röð Mitt og rVISTA forritið
til að finna varðveitt bindiset í stýriröðunum.
Helstu niöurstöður: Ný varðveitt svæði í Mitf próteininu fundust
sem sýna mikla varðveislu milli fjarskyldra tegunda. Vel varðveitt
miRNA bindiset komu í ljós í 3TJTR svæði Mitf og bindiset í
stýrilsvæði Mitf eru einnig vel varðveitt milli tegunda.
Ályktanir: Ný varðveitt svæði sem komið hafa í ljós við samanburð
á Mitf geninu í fjarskyldum tegundum veita frekari innsýn í
hlutverk og stjórnun Mitf próteinsins. Varðveitt miRNA bindiset í
3'UTR svæði Mitf benda til þess að stjórnun á genastarfsemi Mitf
sé flóknari en áður var talið og að miRNA taki þátt í stjórnun
þess. Frekari rannsóknir á þessum svæðum munu auka skilning á
stjórnun og hlutverki Mitf gensins enn frekar.
E 44 Tvívíður rofháður rafdráttur, greiningar á basa-
breytingum í flóknum sýnum
Guðmundur Heiðar Gunnarsson1-2, Bjarki Guðmundsson2, Hans Guttormur
Þormar1, Jón Jóhannes Jónsson1-3
'Lífefna- og sameindalíffræðistofa læknadeildar HÍ, 2Lffeind, 3erfða- og
sameindalæknisfræðideild Landspítala
jonjj@hi.is
Inngangur: Stöðugt eru gerðar meiri kröfur um öflugar og
áreiðanlegar aðferðir til að skima fyrir öllum, bæði þekktum
og óþekktum, stökkbreytingum sem fram koma í einstökum
genum. Nýlega hafa verið skilgreind ensím sem með rjúfa annan
þátt DNA sameinda sem innihalda mispörun vegna breytinga
á stökum bösum (SNP) eða lítilla innskota/úrfellinga. Slíkt
ensímrof er greint með einvíðum rafdrætti. Þetta hefur takmarkað
afkastagetu greininganna þar sem aðeins er hægt að skoða eina
DNA sameind í einu. Við lýsum þróun tvívíðs rafdráttarkerfis
fyrir greiningar á rofsetum í flóknum DNA sýnum. Með
aðferðinni er hægt að greina mislangar DNA sameindir samtímis
með tilliti til hvort þær innihaldi rofset og greina þannig samtímis
flókin sýni sem ná yfir heil gen.
Aðferðir: Mynduð voru tvíþátta prófefni með skurði á lambda
erfðaefni. Hluti prófefnanna var rofinn með ensími sem veldur
rofi þegar það binst við bindiset sitt ( GAGTCNNNNAN).
Efniviðurinn var svo notaður til að þróa og staðla tvívíðu
rafdráttaraðferðina. í framhaldinu voru prófefni sem innihéldu
allar einfaldar misparanir mynduð og þau notuð til að skilgreina
sértækt rof með endónúkleasa V og CEL I. Prófefnum var svo
blandað við flóknari sýni og sýnt fram á sértækni rofsins með
tvívíðum rofháðum rafdrætti.
Niðurstöður: Hægt var að aðskilja flókin sýni af rofnum og
heilum DNA sameindum. Sýnt var fram á skilvirkan aðskilnað
á DNA sameindum sem innihéldu einfalda mispörun úr safni
réttparaðra DNA sameinda með því að meðhöndla sýnið fyrst
með Cell núkleasa.
Ályktanir: Við höfum þróað tvívíðan rofháðan rafdrátt til
að aðgreina DNA sameindir sem innihalda rofset frá DNA
sameindum sem eru heilar. Pessi aðferð opnar nýja möguleika á
greiningu flókinna sýna og gæti reynst öflug við mispörunarskimun
á heilum genum.
Læknablaðið/fylgirit 53 2006/93 39