Læknablaðið : fylgirit - 05.01.2015, Page 12

X V I I V Í S I N D A R Á Ð S T E F N A H Í
F Y L G I R I T 8 2
12 LÆKNAblaðið/Fylgirit 82 2015/101
karlar á aldrinum 20 til 81 árs (meðalaldur var 49 ár). Atriðagreining
(Item Response Theory: IRT) með tveggja stika mati (two parameter logistic
model) var notuð til að meta sundurgreiningarhæfni atriða.
Niðurstöður: Niðurstaða greiningarinnar leiddi til tíu atriða mælingar
með góða próffræðilega eiginleika. Atriði voru valin á grundvelli stika
mats (parameter estimates), bæði sundurgreiningarhæfni (discrimination
estimate) og þyngd atriðis (difficulty estimate). Valin voru jafn mörg já-
kvætt og neikvætt orðuð atriði, þótt sundurgreiningarhæfni neikvæðra
atriða væri almennt hærri, svo meta megi jáhneigð (acquiescence bias)
með listanum og til að stutta útgáfan meti sama hugtak og MCSDS.
Staðfestandi þáttagreining leiddi í ljós bætt mátgæði fyrir stuttu útgáfu
listans.
Ályktanir: Frekari rannsókna á gagnsemi þessarar stuttu útgáfu er þörf.
E 11 Microarray analysis on spontaneous abortions
Helga Hauksdóttir1,3, Ástrós Arnardóttir1, Vigdís Stefánsdóttir1,3, Jóhann Heiðar
Jóhannsson1, Margrét Steinarsdóttir1, Hildur Harðardóttir2, Jón Jóhannes Jónsson1,3
1Department Genetics and Molecular Medicine, Landspítala University Hospital, 2Prenatal
Diagnostic Unit, Landspítala University Hopsital, 3Department of Biochemistry and Molecular
Biology, Faculty of Medicine, University of Iceland
heh12@hi.is
Introduction: Spontaneous abortion (SA) occurs in up to 20% of
recognized pregnancies and chromosomal abnormalities are detected
with conventional karyotypic analysis in 40-50% of cases. Array CGH
analysis has revealed submicroscopic or rare copy number variants
(CNVs) in additional ~20% of SAs. The aim of this study was to test if
with a high resolution Exon-Focused CGH array we could detect causes
of recurrent SAs where karyotype was normal. Our hypothesis was that
this type of array would detect smaller CNVs than had been previously
studied in SAs.
Methods and data: Fetal tissue samples were obtained from women with
a SA at Landspitali. All subjects were couples with recurrent abortions
and gestational age ≤20 weeks. Exon-Focused 720K array (NimbleGen)
CGH analysis was performed on SAs with normal karyotype.
Results: We found a significantly larger amount and smaller CNVs than
in previous studies. An average of 133 CNVs were identified in 13 sam-
ples. Majority of the CNVs were small (60.2% <10 kb). We did not find
any known causes for SAs with this array. We identified two genes,
TAF4 and GDF6 both with homozygous loss (34 bp and 4.6 kb, respecti-
vely). These two candidate genes had not been previously identified as
possible causes for SAs.
Conclusions: There was not enough evidence for pathogenicity of the
CNVs identified to use the data in genetic counseling, although there
were possible candidate genes. The drawbacks to using this type of
array for analysis of SAs include e.g. difficulties with biological and
technical interpretation.
E 12 Gæði DNA-sýna úr vaxkubbum og DNA-sýna fyrir ChIP-seq
greind með Norðurljósagreiningu
Hans Guttormur Þormar1,2, Bjarki Guðmundsson1,2,3, Jón Jóhannes Jónsson2,3
1Lífefna- og sameindalíffræðistofu læknadeildar Háskóla Íslands, 2Lífeind ehf., 3erfða- og
sameindalæknisfræðideild Landspítala
hans@hi.is
Inngangur: Flókin kjarnsýrusýni eru notuð við allar helstu aðferðir sam-
eindalíffræði. Þrátt fyrir það hafa fáar aðferðir komið fram sem greint
geta slík sýni með tilliti til samsetningar og uppsafnaðra skemmda.
Slíkar greiningar geta skipt sköpum ef um er að ræða verðmæt og/eða
illfáanleg sýni.
Efniviður og aðferðir: Norðurljósagreining á flóknum kjarnsýrusýnum
samanstendur af rafdráttartæki og einnota örgelum. Greiningin er
áreiðanleg, hröð og einföld í framkvæmd. Norðurljósagreining getur
greint margvíslegar skemmdir í DNA, m.a. einþátta og tvíþátta brot,
miliþátta og innanþátta krosstengi, fyrirferðarmikla tengihópa og upp-
söfnun einþátta DNA. Við notuðum Norðurljósagreiningu til að meta
gæði kjarnsýrusýna í Chip-Seq greiningum og í kjarnsýrusýnum ein-
angruðum úr vefjasýnum sem hert voru í formalíni og steypt í paraffíni.
Niðurstöður: Norðurljósagreiningar benda til þess að sýni meðhöndluð
með formalíni innihaldi talsvert magn einþátta kjarnsýra, milliþátta og
innanþátta krosstengja en hlutfallslega lítið af óskemmdum tvíþátta
kjarnsýrum. Ofangreindar skemmdir geta haft veruleg áhrif á framhalds
meðhöndlun sýnanna, niðurstöður raðgreininga og endurtakanleika til-
rauna þeim tengdum.
Ályktanir: Norðurljósagreining getur veitt nýja innsýn í uppsöfnun
skemmda í flóknum kjarnsýrusýnum, gefur möguleika á að bæta sýna-
meðhöndlun og gera tilraunir til að lagfæra skemmd kjarnsýrusýni.
E 13 Þróun baculoveiruferja til bólusetninga gegn sumarexemi í
hestum: Tilraunabólusetningar í folöldum
Lilja Þorsteinsdóttir, Sigurbjörg Þorsteinsdóttir, Sigríður Jónsdóttir, Vilhjálmur
Svansson
Tilraunastöð Háskóla Íslands í meinafræði að Keldum
liljatho@hi.is
Inngangur: Sumarexem er húðofnæmi í hestum sem orsakast af biti
smámýs sem lifir ekki á Íslandi. Tíðni sjúkdómsins er há í útfluttum
hestum. Baculoveira er skordýraveira sem hefur aðallega verið þróuð og
notuð til að tjá endurröðuð prótein. Einnig er verið að þróa baculoveirur
sem genaferjur og þær hannaðar með viðeigandi tjáningarkasettu.
Markmið verkefnisins er að hanna baculoveiruferjur fyrir bólusetningu
gegn sumarexemi.
Efniviður og aðferðir: Framleiddar voru tvær veiruferjur með Bac-to-
Bac baculoveirukerfinu, rBac-gB-Cul n 2 og rBac-Cul n 2. Notað var glý-
kóprótein B úr equine gammaherpesveiru-2 (EHV-2) sem gerir veirunni
kleift að komast inn í hestafrumur. Tvö og tvö folöld voru bólusett fimm
sinnum með 3-4 vikna millibili í kjálkabarðseitla (i.l) með sitt hvorri
rBac-veiruferjunni. Þremur vikum síðar var svarið eflt með E.coli fram-
leiddu Cul n 2 próteini í Alum/MPL ónæmisglæðiblöndu.
Niðurstöður: Bólusetningarnar voru án klínískra einkenna. Veiru-
ræktanir og PCR prófin voru neikvæð. Mjög dauft mótefnasvar mældist
eftir ferjubólusetningu og ekki hægt að meta mun á ferjunum. Eftir Cul n
2 efli-próteinbólusetningu sást greinileg aukning í Cul n 2 mótefnum hjá
öllum folöldum aðallega af undirflokkum IgG1 og IgG4/7 mótefnasvar
en lægra IgG(T).
Ályktanir: Mótefnasnið eftir efli-bólusetninguna bendir til að ónæmis-
svarið sé Th1 miðað. Til að fá skýrari niðurstöður á að bólusetja tvö
folöld á sama hátt með rBac-gB-expcas án Cul n 2 veiruferju og meta
styrk mótefna eftir efli-bólusetningu. Bólusetning í eitil getur mögulega
leitt til niðurbrots á veiruferjum og því verður tilraunin endurtekin með
sömu veiruferjum en bólusett í vöðva og undir húð.