Læknablaðið : fylgirit - 01.01.2013, Blaðsíða 31

XVI VÍSINDARÁÐSTEFNA HÍ
FYLGIRIT 73
E 66 Rannsókn varðveislu og kirnabreytileika í bindisetum
umritunarþátta
Arnar Pálsson, Dagmar Ýr Amardóttir
Líf- og umhverfisvísindastofnun HÍ
apalsson@hi.is
Inngangur: Stjórnraðir gena innihalda mörg bindiset fyrir umritunar-
þætti. Prótín þessi eru ýmist almenn eða vefjasérhæfð og hafa jákvæð
og/eða neikvæð áhrif á umritun. Bindisetum umritunarþátta er oft lýst
með kenniröð en nákvæmara er að nota fylki af vogtölum fyrir hvem
basa innan setsins (svokallað position weight matrix). Samanburður á
erfðamengjum tegunda sýnir varðveislu bindiseta í þróun.
Efniviður og aðferðir: í snemmþroskun ávaxtaflugunnar (Drosophila
melanogaster) starfa margir umritunarþættir sem stjórna myndun öxla,
frumlaga og vefjaforvera. Stjórnraðir even-skipped (eve) gensins hafa
verið krufnar með aðferðum sameindaerfðafræði og lífefnafræði, og
efliraðir og bindiset viðeigandi stjómþátta innan þeirra skilgreind.
Niðurstöður: Við fundum í náttúrulegum stofnum ávaxtaflugna tvær
stökkbreytingar innan tiltekinnar stjórnraðar eve gensins, sem báðar
fella út varðveitt bindiset fyrir hunchback umritunarþáttinn. Slíkar
úrfeliingar em ákaflega fátíðar. Við leituðumst við að skilgreina áhrif
þessara úrfellinga á hæfni, þroskunartíma og genatjáningu. Við veltum
einnig upp þeirri tilgátu að breytingar þessar úrfellingar séu afleiðing
breytinga á virkni hunchback í ávaxtaflugunni (ef til vill aukningar í
magni hunchback). Slíkt gæti hafa dregið úr styrk hreinsandi vals á
hunchback bindisetum, sem gæti útskýrt úrfellingamar í stjómröðum
eve gensins. Við könnuðum hvort áþekkar stökkbreytingar finnast í
öðmm markgenum hunchback.
Alyktanir: Búist var við fleiri stökkbreytingum í hunchback setum en
bindisetum fyrir aðra skylda þætti (til dæmis snail og kruppel). Síðan
könnuðum við hvort breytingar hafi orðið á prótínafurð eða mikil-
vægum stjórnröðum hunchback. í þriðja lagi munum við kanna hvort
samspil sé á milli kimabreytileika í eve og hunchback.
E 67 Rannsókn á tengslaójafnvægi og stofngerð með PAS-aðferð
Daníel Óskarsson, Marcos Antezana, Amar Pálsson
Líf- og umhverfisvísindastofnun HÍ
daniel 72@gmail. com
Inngangur: Mendelskir sjúkdómar hafa reynst mikilvægir við að skilja
lykilatriði mannerfðafræði. Þeir eru samt einungis lítið hlutfall erfða-
sjúkdóma. Flestir slíki sjúkdómar em tilkomnir vegna áhrifa margra
gena. Orsakir fjölgenasjúkdóma em margvíslegar, til dæmis ólíkar
stökkbreytingar eru í sömu genum, áhrif genanna velta á sýnd, um-
hverfi, tilviljun eða samspili við aðra erfðaþætti. Þrátt fyrir miklar
framfarir í mannerfðafræði á síðustu fimm árum, hafa fylgnigreiningar
á erfðamenginu (genome wide association stndies) ekki afhjúpað nema
hluta þeirra erfðaþátta sem liggja til gmndvallar algengra sjúkdóma.
Þetta týnda arfgengi (missing heritability) getur átt sér margar skýringar,
þar á meðal samspil gena (epistasis). Samspil eða samvirkni gena er við-
fangsefni rannsóknar okkar. Algengast er að kanna slíkt samspil með
G-prófum milli tveggja breytilegra seta (erfðamarka), en slíkt verður
reiknilega kostnaðarsamt ef fjöldi seta fer iangt yfir milljón. Eðlilega
er reikniþörfin einnig gríðarleg ef samspil þriggja eða fleiri seta eru
könnuð í erfðamengjagögnum. Þessar reiknilegu hömlur (combinatorinl
explosion) hafa sett skorður rannsóknum á samspili gena í erfðamenginu
Efniviður og aðferðir: Við höfum þróað nýja leið til að kanna samspil,
sem vex línulega með fjölda seta en í veldisvexti með fjölda einstaklinga
(sjúklinga/viðmiða).
Niðurstöður: Kosturinn er að aðferðin getur greint samhliða tveggja,
þriggja og fjögurra seta samspil. Við leggjum áherslu á að aðferðin gæti
virkað best sem skimun fyrir setum, sem mögulega taka þátt í samspili,
og að mikilvægt sé að staðfesta slík tengsl í öðru þýði.
Alyktanir: Aðferðin getur metið LD í venjulegum stofnerfðafræðilegum
gögnum, og vísbendingar eru um að hún geti einnig metið blöndun
stofna og skyldleika í þýði.
E 68 Metýlering á Alu-röðum og stýrli MLH1-gens í ristil- og
magakrabbameinum
Cong Liu', Xiyn Wang', Dong Liu', Sigurður Ingvarsson/ Huiping Chen'
'Dpt of Medical Genetics, Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Techno-
logy, Wuhan, Hubei, Kína, miraunastöð HÍw2q3 í meinafræði að Keldum og læknadeild HÍ
Inngangur: Alu-endurteknar raðir í erfðamenginu eru yfirmetýler-
aðar í eðlilegum frumum. Þær eru taldar vera miðstöðvar metýleringar.
Vísbendingar eru um að metýlering geti dreifst frá slíkum miðstöðvum
yfir á stýrilröð gena, einkum í æxlisfrumum. Afurð MLHl-gens gegnir
lykilhlutverki í mispörunarviðgerðum og viðheldur þar með stöðug-
leika erfðamengisins. Metýlering á stýrilröð MLHl er algeng í ákveðn-
um æxlisgerðum og veldur lækkaðri tjáningu á geninu. Fyrri rannsóknir
okkar bentu til að metýlering Alu-raða í fyrstu innröð MLHl-gens gæti
borist yfir á MLHl stýril í ristilkrabbameinsfrumulínunum RKO og
SW48. Markmið núverandi rannsóknar er að varpa ljósi á hvort metý-
lering á fjórum Alu-röðum innan MLHl-gensins eigi þátt í metýleringu
á stýrli sama gens í æxlum.
Efniviður og aðferðir: Notuð var bisulfiteraðgreining til að greina CpG-
raðir á 5'-enda MLHl-gens í 188 ristilæxlum og 27 magaæxlum. Eðlileg
þarmaslímhúð og blóðfrumur voru notuð sem viðmið. Tjáning Mlhl var
greind með ónæmislitun og stökkbreytingagreining var framkvæmd
með hefðbundinni DNA-raðgreiningu.
Niðurstöður: Kortlagning fékkst á mynstri metýleringar Alu-raða
í 5'-enda MLHl í æxlum, eðlilegri þarmaslxmhúð og blóðfrumum.
Undirmetýlering á Alu-röðum, einkum tveimur þeirra og yfirmetýler-
ing á stýrli og á svæðum milli stýrils og Alu-raða greindist í sjö æxlum,
fjórum ristilæxlum og þremur magaæxlum. í öllum sjö æxlum greindist
minnkuð tjáning Mlhl. f tveimur æxlum greindist stökkbreyting í stöðu
+681 í innröð 1.
Ályktanir: Metýlering Alu-raða í fyrstu irmröð MLHl-gens getur
borist yfir á MLHl stýril í ristil- og magakrabbameinum. Afleiðingin er
minnkuð tjáning gensins. Mismunandi DNA afbrigði í innröð 1 gætu
haft áhrif á tilfærslu metýl-hópa.
E 69 Áhættuarfgerð rs3803662 og mRNA magn nærliggjandi gena
TOX3 og LOC643714 spá fyrir um slæmar horfur brjóstakrabba-
meinssjúklinga
Rósa Björk Barkardóttir1-, Eydís Þórunn Guðmundsdóttir1, Aðalgeir Arasonu,
Haukur Gunnarssonu, Laufey Þóra Ámundadóttir1, Bjami Agnar Agnarsson2-5,
Óskar Þór Jóhannsson2'1, Inga Reynisdóttir'
‘Sameindameinafræði- og frumulíffræðieiningu rannsóknastofu í meinafræði, Landspítala,
'læknadeiid HÍ, 'Actavis, 'National Cancer Institute, National Institute of Health BNA, 5rann-
sóknastofu í meinafræði og 6krabbameinslækningadeild Landspítala
ingar@tandspitaii.is
Inngangur: Fágætari samsæta erfðabreytileikans rs3803662 hefur
verið tengd við aukna áhættu á brjóstakrabbameini og einnig við lægri
LÆKNAblaðið 2013/99 31