Læknablaðið : fylgirit - 01.01.2011, Page 137

Læknablaðið : fylgirit - 01.01.2011, Page 137
XV VISINDARAÐSTEFNA Hl FYLGIRIT 66 V 170 Varmafræði efnaskiptaferla í einstaklingum með meðfædda efnaskiptagalla Hulda S. Haraldsdóttir', Swagatika Sahoo', Leifur Franzson2, Jón J. Jónsson2,3, Ines Thiele1, Ronan M.T. Fleming1 ‘Kerfislíffræðisetri HÍ, 2erfða- og sameindalæknisfræðideild Landspítala, 3tífefna- og sameindalíffræðistofu læknadeildar HÍ hsh20@hi.is Inngangur: Fríorkubreytingar við efnahvörf (ArG) eru háðar ýmsum umhverfisskilyrðum, meðal annars styrk hvarf- og myndefna. Frávik frá eðlilegum styrk hvarf- og myndefna í efnaskiptaferlum eru eitt einkenna meðfæddra efnaskiptagalla (inborn errors of metabolism). Hér verða könnuð áhrif þessara frávika á efnahvarfa í efnaskiptaferlum. Efniviður og aðferðir: ArG efnahvarfa í líkani af efnaskiptaferlum í mannafrumum, Recon 1, voru reiknuð með Matlab tólinu von Bertalannfy. Með því má reikna ArG við mismunandi umhverfisskilyrði út frá gögnum um myndorku hvarf- og myndefna (ArG). Gögn um AfG sameinda og umhverfisskilyrði inni í frumum voru fengin úr tímaritsgreinum og gagnagrunnum á netinu. Ef engin rannsóknargögn fundust um A(G tiltekinnar sameindar var AfG metið út frá byggingu sameindarinnar með aðferð sem byggir á tölfræðilegum gögnum um framiag mismunandi virloiihópa til heildar A(G lífrænna sameinda. Niðurstöður: ArG við þekkt umhverfisskilyrði í heilbrigðum manna- frumum var reiknað fyrir 2154 af 3.311 efnahvörfum í Recon 1. Vegna skorts á gögnum um nákvæma styrki efna inni í frumum fékkst í mörgum tilvikum frekar breitt bil mögulegra ArG gilda. Unnið er að frekari gagnaöflun til að þrengja þessi bil. Gögn um styrkbreytingar efna í blóði vegna 108 meðfæddra efnaskiptagalla hafa verið tekin saman úr ýmsum gagnagrunnum. Unnið er að því að tengja þessi gögn á áreiðanlegan hátt við styrk- breytingar inni í frumum. Ályktanir: Von Bertalannfy og Recon 1 geta nýst við rannsóknir á varmafræðilegum áhrifum meðfæddra efnaskiptagalla. Lokaniðurstöður munu velta á frekari gagnaöflun og þróun aðferða. V 171 Kortlagning meðfæddra efnaskiptagalla með Recon 1-líkani af efnaskiptaferlum í mönnum Swagatika Sahoo', Hulda S. Haraldsdóttir1, Leifur Franzson2, Jón J. Jónsson1, Ronan M.T. Fleming1, Ines Thiele' 'Kerfislíffræöisetri HÍ, 2Landspítala, 3Lífefna- og sameindalíffræðistofu læknadeildar HÍ og erfða- og sameindalæknisfræðideild Landspítala sws2@hi.is Inngangur: Með gerð tölvulíkansins Recon 1 voru í fyrsta sinn kortlögð heildartengsl helstu efnaskiptaferla í mannafrumum. Öll helstu efnahvörfin sem eiga sér stað í efnaskiptaferlum voru skráð í Recon 1, auk lífefna- og erfðafræðilegra upplýsinga, á formi sem er aðgengilegt með aðferðum tölvunar- og reiknifræði. Recon 1 gerir rannsakendum kleift að gera magnbundnar rannsóknir á efnaskiptaferlum í heild sinni. Hugtakið meðfæddir efnaskiptagallar (inbom errors of metabolism) var fyrst sett fram árið 1902 en síðan þá hefur fjöldi sjúkdóma sem falla undir þennan hatt farið vaxandi. Recon 1 hentar einstaklega vel fyrir rannsóknir á meðfæddum efnaskiptagöllum því það má auðveldlega gera ráð fyrir öðrum genagöllum í líkaninu. Líkanið má svo nota til fá nákvæmar upplýsingar um þessa genagalla eða til að fá hugmyndir um meðferðarúrræði. Efniviður og aðferðir: Upplýsingar um meðfædda efnaskiptagalla fengust úr tímaritsgreinum og gagnagrunnum. Meðfæddir efnaskipta- gallar voru kortlagðir við Recon 1 með skráningu á tengslum genagalla við prótein eða efnahvörf í Recon 1. Hver skráning var staðfest með samanburði við birtar heimildir. Niðurstöður: f heildina fundust 184 meðfæddir efnaskiptagallar sem hægt var að korleggja með Recon 1. Eftir fyrirhugaðar viðbætur við Recon 1 verður hægt að kortleggja um 100 meðfædda efnaskiptagalla til viðbótar. Ályktanir: Meðfæddir efnaskiptagallar eru margir hverjir sjaldgæfir, en sem heild er þessi flokkur sjúkdóma mjög algengur. Þeir geta komið fram í fólki á öllum aldri og haft áhrif á ýmsa líkamsvefi. Næstu skref eru að nota Recon 1 til að skoða breytingar á styrk efna í blóði og reyna að spá fyrir um áhrifaríkustu aðferðirnar við greiningu og meðferð meðfæddra efnaskiptagalla. Slfk vinna mun vonandi leiða til aukinnar þekkingar á þessum sjúkdómum. V 172 Lífefnafræðileg virkni Rad26 í umritunarháðri DNA viðgerð Stefán Sigurðsson’, JesperQ. Svejstrup2 'Lífvísindasetri Læknagarðs, lífefna- og sameindalíffræðistofu, ^Cancer Research, Clare Hall Laboratories, Bretlandi stefsi@hi.is Inngangur: DNA skemmdir geta stuðlað að æxlisvexti og einnig hindrað tjáningu lífsnauðsynlegra gena. Flestar lífverur hafa þróað DNA viðgerðarferli sem tryggir hraðari viðgerð í tjáðum genum heldur en á ótjáðum svæðum erfðamengisins. Þetta viðgerðarferli er háð RNA pólímerasa II (JÍNAPII) og nefnist umritunarháð DNA viðgerð. Ferlið hefst á því að DNA skemmdin er greind við það að RNAPII stöðvast á henni. Næsta skref er illa skilgreint en þó er vitað að CSA og CSB (Cockayne Syndrome A/B) í mannafrumum og Rad26 í gersvepp taka þátt í viðgerðarferlinu en ekki er vitað hvernig. Ferlinu er síðan lokið með skerðibútaviðgerð þar sem hlutur af DNA sameindinni sem inniheldur skemmdina er fjarlægður og nýr myndaður. Efniviður og aðferðir: Lífefnafræðilegar aðferðir voru notaðar til þess að rannsaka virkni Rad26 til þess að öðlast betri skilning á umritunarháðri DNA viðgerð í heilkjörnungum. Rad26 próteinið var hreinsað með hefðbundnum aðferðum eftir yfirtjáningu í skordýrafrumum. Rad26 getur vatnsrofið ATP og voru gerðar tilraunir til að rannsaka hlutverk þessa vatnsrofs í umritunarháðri DNA viðgerð. Niðurstöður: Tengsl eru á milli ATP vatnsrofs og lengdar DNA hvarfefna sem bendir til þess að Rad26 geti ferðast eftir DNA sameindinni. Niðurstöður benda einnig til þess að próteinið þekki ákveðna DNA bygginu betur en aðrar, til dæmis þær sem sjást þar sem RNAPII hefur myndað umritunarbólu (transcription bubble). Ályktanir: Rad26 notar orku sem losnar við ATP vatnsrof til þess að ferðast eftir DNA sameindinni, hugsanlega til þess að leita að RNAPII sem hefur stöðvast á DNA skemmd eða til að hafa áhrif á bindingu RNAPII við DNA. Hvernig Rad26 kemur skilaboðum til próteina sem taka þátt í skerðibútaviðgerðinni er enn óljóst. Rannsóknirnar beinast að því að kanna þetta ferli enn frekar. V 173 RNA pólímerasi II merktur með Ubiquitin Stefán Sigurðsson', Jesper Q. Svejstrup2 'Lífvísindasetri Læknagarðs, lífefna- og sameindalíffræðistofu, Klancer Research, Clare Hall Laboratories, Bretlandi stefsi@hi.is Inngangur: Heilkjarna frumur hafa marga varðveitta ferla til þess að LÆKNAblaðið 2011/97 137
Page 1
Page 2
Page 3
Page 4
Page 5
Page 6
Page 7
Page 8
Page 9
Page 10
Page 11
Page 12
Page 13
Page 14
Page 15
Page 16
Page 17
Page 18
Page 19
Page 20
Page 21
Page 22
Page 23
Page 24
Page 25
Page 26
Page 27
Page 28
Page 29
Page 30
Page 31
Page 32
Page 33
Page 34
Page 35
Page 36
Page 37
Page 38
Page 39
Page 40
Page 41
Page 42
Page 43
Page 44
Page 45
Page 46
Page 47
Page 48
Page 49
Page 50
Page 51
Page 52
Page 53
Page 54
Page 55
Page 56
Page 57
Page 58
Page 59
Page 60
Page 61
Page 62
Page 63
Page 64
Page 65
Page 66
Page 67
Page 68
Page 69
Page 70
Page 71
Page 72
Page 73
Page 74
Page 75
Page 76
Page 77
Page 78
Page 79
Page 80
Page 81
Page 82
Page 83
Page 84
Page 85
Page 86
Page 87
Page 88
Page 89
Page 90
Page 91
Page 92
Page 93
Page 94
Page 95
Page 96
Page 97
Page 98
Page 99
Page 100
Page 101
Page 102
Page 103
Page 104
Page 105
Page 106
Page 107
Page 108
Page 109
Page 110
Page 111
Page 112
Page 113
Page 114
Page 115
Page 116
Page 117
Page 118
Page 119
Page 120
Page 121
Page 122
Page 123
Page 124
Page 125
Page 126
Page 127
Page 128
Page 129
Page 130
Page 131
Page 132
Page 133
Page 134
Page 135
Page 136
Page 137
Page 138
Page 139
Page 140
Page 141
Page 142
Page 143
Page 144
Page 145
Page 146
Page 147
Page 148

x

Læknablaðið : fylgirit

Direct Links

If you want to link to this newspaper/magazine, please use these links:

Link to this newspaper/magazine: Læknablaðið : fylgirit
https://timarit.is/publication/991

Link to this issue:

Link to this page:

Link to this article:

Please do not link directly to images or PDFs on Timarit.is as such URLs may change without warning. Please use the URLs provided above for linking to the website.